Centrala
-
Prezes
-
Biuro Prezesa
-
Biuro Rzecznika Prasowego
-
Biuro Współpracy Międzynarodowej
-
Biuro Nowych Technologii
-
Archiwum Instytutu Pamięci Narodowej
-
Biuro Badań Historycznych
-
Biuro Edukacji Narodowej
-
Biuro Poszukiwań i Identyfikacji
-
Biuro Upamiętniania Walk i Męczeństwa
-
Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu
-
Biuro Lustracyjne
-
Wydawnictwo IPN
-
Dyrektor Generalny
-
Biuro Budżetu, Finansów i Kadr
-
Biuro Ochrony
-
Biuro Administracyjno-Gospodarcze
-
Biuro Informatyki
-
Biuro Prawne
-
Samodzielne stanowisko do spraw relacji z pracownikami
-
Inspektor ochrony danych w IPN-KŚZpNP
-
Samodzielna Sekcja Bezpieczeństwa Teleinformatycznego