English version
Następnym etapem jego życia była przeprowadzka do Sankt Petersburga, gdzie rozpoczął około 1900 r. studia na Cesarskiej Wojskowej Akademii Medycznej. Podczas ich trwania zainteresował się nim jeden z pionierów rosyjskiej psychiatrii Władimir Michajłowicz Biechtieriew. Młody Bednarz zakończył studia w 1904 r., otrzymując wyróżnienie za osiągnięte wyniki.
Dr Bednarz podjął pracę w szpitalu św. Pantalejmona w Petersburgu, gdzie sprawował funkcję lekarza na jednym z oddziałów. Dodatkowo Biechtieriew umożliwił mu podjęcie pracy w Akademii czyniąc go swoim asystentem. Już na samym początku kariery młody lekarz rokował szanse na osiągnięcie sukcesów. W czasie trwania studiów Bednarz wstąpił w szeregi Polskiej Partii Socjalistycznej, a od 1903 r. włączył się w działania przeciwko caratowi. Początkowo zajmował się przerzutem bibuły przez granicę fińsko-rosyjską. Później razem z Władysławem Dehnelem starał się pozyskać w Rosji broń i materiały wybuchowe potrzebne w walce o odrodzenie Polski.
Działalność na terenie Imperium Rosyjskiego przyczyniła się do jego wyjazdu na teren Królestwa Polskiego, co miało prawdopodobnie miejsce w 1905 r. Władze PPS wyznaczyły mu szczególne zadanie. Udał się do Krakowa leżącego w Austro-Węgrzech. W mieście funkcjonowała tajna akademia dla bojowników PPS, której zadaniem było szkolenie kadr niezbędnych do walki o niepodległość. Józef początkowo był szeregowym słuchaczem, później otrzymał funkcję wykładowcy.
Równolegle do wykładów w krakowskim ośrodku Bednarz rozpoczął w 1906 r. pracę w szpitalu św. Jana Bożego w Warszawie. Był ceniony przez pacjentów i współpracowników. Zawsze miły, serdeczny, rzeczowy. Następnie zmienił miejsce pracy i od 1907 r. związał się ze szpitalem psychiatrycznym w podwarszawskich Tworkach. Cały czas prowadził przy tym działalność konspiracyjną, która polegała na nadzorowaniu produkcji ładunków wybuchowych oraz ich przechowywaniu. Wykorzystywał placówki szpitalne jako punkty przerzutowe broni i zaopatrzenia. W 1908 r. wrócił do Warszawy podejmując pracę w szpitalu św. Jana Bożego. Ostatecznie został aresztowany przez Rosjan 17 III 1908 r.
Wygnanie z Imperium Rosyjskiego, udział w I wojnie światowej
Przeciwko Józefowi Bednarzowi wytoczono proces, podczas którego został osadzony w pawilonie X warszawskiej cytadeli. Wobec fiaska dochodzenia władze zmusiły go do opuszczenia terytorium Królestwa Polskiego, co miało miejsce po niemal roku przetrzymywania w więzieniu. W marcu 1909 r. wyjechał do Austro-Węgier. Tam rozpoczął pracę w sanatorium dla chorych na choroby układu oddechowego w Zakopanem. Jego przełożonym był dr Kazimierz Dłuski, który wyznaczył Bednarzowi funkcję asystenta lekarskiego. Pod koniec 1909 r. otrzymał propozycję pracy w szpitalu psychiatrycznym w Kulparkach nieopodal Lwowa. Został zatrudniony na stanowisku lekarza psychiatry. Przebywał tam do 1912 r., kiedy w nieznanych okolicznościach uzyskał możliwość powrotu na teren Cesarstwa Rosyjskiego.