Struktura narodowościowa miasta w tym okresie zmieniła się zasadniczo. Oprócz wspominanych Polaków i Niemców, nieliczną grupę stanowili również Niemcy bałtyccy (Baltendeutsche). Pierwszy łotewski statek z niemieckimi repatriantami i ich życiowym dobytkiem wpłynął do gdańskiego portu 15 października 1939 r., a później, 24 października, w Gdyni zacumował statek „Eider” z 460 pasażerami na pokładzie oraz statek „Oldenburg” z nieustaloną liczbą pasażerów. Prawdopodobnie ostatnim statkiem, jaki wyruszył z Niemcami bałtyckimi z Rygi w kierunku Gdyni w dniu 15 grudnia 1939 r. była jednostka „Sierra Cordoba”. Gdynia zatem była pierwszym miastem na szlaku podróży Baltendeutschów do ich miejsc docelowych w gdańskim Okręgu lub w głębi Rzeszy.
W samej Gdyni ostatecznie nie pozostało wielu Niemców ze Wschodu – jedynie 3,5 tys. pochodzących z krajów bałtyckich i 200 z Besarabii.
Jednym z czołowych miast tego najmniejszego wówczas z polskich województw była stosunkowo niewielka Gdynia, licząca w 1921 r. zaledwie 1300 mieszkańców. Decyzja o budowie portu morskiego rozpoczęła nowy, dynamiczny etap w dziejach Gdyni.
Od uzyskania praw miejskich w 1926 r. do ostatnich miesięcy II wojny światowej miasto to w sensie ekonomicznym było morską stolicą Polski, nazywaną „oknem na świat”. Gdynia była również najmłodszym miastem okresu międzywojennego, nie tylko ze względu na datę swojego powstania, ale też z uwagi na wiek jej mieszkańców. Dynamiczny rozwój portu, gospodarki i infrastruktury miejskiej stał się żywym zaprzeczeniem niemieckiej propagandy o „polnische Wirschaft”, czyli polskiej gospodarce w znaczeniu pejoratywnym.
Za rozwojem ekonomicznym (liczącego w 1938 r. już 122 tys. mieszkańców) miasta szedł również rozwój życia społecznego i kulturalnego. Kolejny spis powszechny przeprowadzony w grudniu 1939 r. wskazywał blisko 56 tys. osób zamieszkałych w Gdyni, co oznaczało spadek liczby ludności aż o 56 %. Był to okres tuż po intensywnych wysiedleniach mieszkańców miasta. Z kolei następny spis, przeprowadzony już przez władze niemieckie, datuje się na okres pomiędzy 1 a 9 grudnia 1940 r. Podano wówczas, iż w mieście zamieszkuje 88 924 Polaków i Niemców, w liczbie tej ujęto 62 100 osób narodowości polskiej.
Ustanowienie władz okupacyjnych w Gdyni
Wojska niemieckie zajęły Gdynię 14 września 1939 r. Jeszcze tego samego dnia rano Lucjan Skupień, pełniący funkcje Komisarza Rządu w zastępstwie Franciszka Sokoła, przekazał cywilny zarząd miasta w ręce generała Georga Eberhardta.
Przez pierwszych kilka tygodni władzę w Gdyni sprawował Zarząd Wojskowy Krigsmarine (Militärverwaltung Krigsmarine) na którego czele stał głównodowodzący wojskami niemieckimi w Polsce – generał Walther von Brauchitsch. Niemcy od początku planowali przekształcić to nowoczesne i dobrze zagospodarowane miasto w bazę niemieckiej marynarki wojennej. Zanim to nastąpiło, utworzono obręb twierdzy Marynarki Gdynia (Marinefeststungsbericht Gotehafen).
Niemiecka nazwa miasta – Gotehfahen (niem. port Gotów) wprowadzona została rozkazem Adolfa Hitlera bardzo szybko, bo już 5 dni po jego zajęciu. Kilka miesięcy później miastu nadano nowy, wizerunkowo spójny z nazwą herb, czyli wizerunek statku Gotów.
Namiestnik okręgu gdańskiego Albert Forster i jego administracja terenowa zakładali, iż plany całkowitej germanizacji Pomorza uda im się osiągnąć zaledwie w pięć lat. Zamierzali doprowadzić do tego stosując zarówno eksterminację pośrednią, jak i bezpośrednią. Zgodnie z wcześniej przyjętymi wytycznymi, w Gdyni niemalże od pierwszych dni okupacji miały miejsca aresztowania mężczyzn i chłopców w wieku od 14 do 70 lat. Zatrzymani przetrzymywani byli na terenie prowizorycznie zorganizowanych aresztów w Gdyni, tj.: w kościołach, halach fabrycznych, dawnych koszarach artylerii przeciwlotniczej, w więzieniu policyjnym i sądowym.
Kolejna akcja została przeprowadzona pod koniec października 1939 r. i określana była jako „Intelligenzaktion”. W jej wyniku ujęto przedstawicieli miejscowej inteligencji: wielu księży, nauczycieli, kupców, osoby prowadzące działalność polityczną, społeczną i oświatową. Zostali oni przewiezieni do więzienia przy Schiechsstange w Gdańsku, a następnie 10 listopada 1939 r. do więzienia w Wejherowie. 11 listopada 1939 r., w dzień polskiego święta narodowego, rozstrzelano ich w Lasach Piaśnickich w grupie 314 zakładników.
Relacja świadka Jadwigi Kocuniak z pierwszych dni okupacji Gdyni:
„Pamiętam jak Niemcy weszli do Gdyni, zamieszkaliśmy wtedy u koleżanki rodziców przy ulicy Świętojańskiej w domu zwanym Grażyna. Ponieważ tam były piwnice można było się schronić. Pamiętam, jak Niemcy krzyczeli, żeby zasłonić okna i nie patrzeć, bo będą strzelać”.
