Była to akcja zaplanowana i masowa przeprowadzona na terenie ponad 400 miejscowości położonych w przedwojennym województwie pomorskim, w której zastosowano specjalne techniki zabijania. Ofiarami byli obywatele polscy narodowości polskiej i żydowskiej, przedstawiciele różnych warstw społecznych: inteligencji, duchowieństwa, robotników i właścicieli ziemskich i osoby chore psychicznie. W literaturze naukowej nie funkcjonował do tej pory termin „Zbrodni Pomorskiej 1939 roku”. Częściej można było spotkać określenia „krwawa pomorska jesień”, „pogrom”, „niemiecki Katyń 1939”, jak również używane przez sprawców terminy „Intelligenzaktion” i „Säuberungsaktion”.
Wielkie Pomorze w II RP
W wyniku postanowień traktatu wersalskiego Pomorze Gdańskie powróciło do odrodzonej II Rzeczypospolitej Polskiej, a 1 sierpnia 1919 r. utworzono województwo pomorskie. Rozpoczęto odbudowę polskich struktur administracji terenowej i samorządowej, na obszarze, który przez ponad wiek był częścią Prus. Nadal jednak miejscowi Niemcy umacniali swoją siłę pozycję poprzez tworzenie partii politycznych, w tym głównie Partii Młodoniemieckiej (Jungdeutsche Partei) (to już w latach 30-tych). Nie bez znaczenia była też propaganda niemiecka nazywająca województwo pomorskie „korytarzem pomorskim” oddzielającym Republikę Weimarską (a później III Rzeszę) od Prus Wschodnich. Zachodnie tereny II RP, Niemcy uznawali za ziemie rdzennie niemieckie i dlatego głównym celem niemieckiego okupanta było ich „odpolszczenie” (Entpolnisierung), a pierwszą zastosowaną do tego celu metodą było ludobójstwo.
Jeszcze przed wkroczeniem do Polski wojsk Wehrmachtu członkowie partii niemieckich we współpracy z folksdojczami przygotowali listy proskrypcyjne z nazwiskami Polaków, którzy mieli zostać aresztowani. Skrupulatnie uzupełniana była również Specjalna Księga Poszukiwawcza dla Polski (Sonderfahndungsbuch Polen) zawierająca dane osobowe obywateli II Rzeczpospolitej, którzy za działalność niepodległościową lub społeczną byli poszukiwani przez władze niemieckie. W pierwszych tygodniach okupacji funkcjonariusze placówek policji bezpieczeństwa, analizując donosy Niemców mieszkających przed wojną w Polsce oraz dokumentację pozostawioną przez władze polskie i polskie organizacje i stowarzyszenia, zaczęli tworzyć listy przeciwników nowej władzy.
Volksdeutscher Selbstschutz na Pomorzu
Na obszarze administracyjnym Pomorza Gdańskiego, stanowiącego od 26 października 1939 r. Okręg Rzeszy Gdańsk Prusy-Zachodnie, zbrodnie w skali masowej popełniano do kwietnia 1940 r. Główną rolę w eksterminacji ludności pomorskiej odegrał namiestnik Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie Albert Forster i jego administracja terenowa, której celem było całkowite zniemczenie Pomorza w ciągu 5 lat. W Wolnym Mieście Gdańsk jeszcze przed wybuchem wojny powołano jednostkę szturmowo-wartowniczą SS-Wachsturmbann „Eimann”, która brała udział w eksterminacji ludności polskiej i chorych psychicznie w powiatach kartuskim, kościerskim, starogardzkim i wejherowskim. Szczególną rolę w aparacie terroru na Pomorzu Gdańskim odegrali miejscowi Niemcy działający pod nadzorem SS.
Na początku września na Pomorzu Gdańskim zaczęły powstawać lokalne oddziały niemieckiej straży obywatelskiej złożone z folksdojczów, które podległy bezpośrednio Ortsgruppenleiterom. Tylko formalnie miały one charakter obronny, a de factosłużyły do załatwiania osobistych porachunków z polskimi sąsiadami. W związku z tym „Zbrodnia Pomorska 1939 roku” określana jest również często jako zbrodnia sąsiedzka. Znamiennym jest to, że często ofiary i sprawcy znali się. Przykładowo w lesie pomiędzy Świecinem a Wejherowem 9 października 1939 r. został zamordowany Albert Hebel, a przesłuchana w 1970 r. jego żona Frieda Hebel zeznała na tę okoliczność:
Sprawcą aresztowania mego męża był Heinz Till, który zły był na męża za to, że mąż mój złożył obciążające Tilla zeznania przed władzami polskimi wiosną 1939 roku w sprawie, w której Till był aresztowany i zwolniony dopiero we wrześniu 1939 r. przez wkraczające wojsko niemieckie.
Po naradzie, która miała miejsce pomiędzy 8 a 10 września 1939 r. w kwaterze Hitlera, Heinrich Himmler zdecydował o połączeniu już istniejących lokalnych organizacji i powołaniu Volksdeutscher Selbstschutz. Organizacja została powołana na terenie całej okupowanej Polski, jednak szczególną rolę odegrała na Pomorzu. Jej szefem został były adiutant Himmlera – Ludolf von Alvensleben „Bubi”. Reichsführer SS traktował Selbstschutz jako namiastkę Einsatzkommandosłużącą do odpolszczenia niemieckich ziem. Do organizacji na Pomorzu wstąpiło ponad 38 tys. miejscowych Niemców, czyli niemal wszyscy mężczyźni w wieku od 17 do 45 lat. Jednym z ochotników był mieszkaniec Kartuz Jan Dzionk, który zeznał po latach:
We wrześniu 1939 r. zaraz po zajęciu przez wojska niemieckie Kartuz, zostały rozlepione afisze, które nawoływały do wstąpienia do Selbstschutzu. Kto był na nich podpisany tego nie wiem. Ja również wstąpiłem do Selbstschutzu. Po raz pierwszy udałem się na zebranie Selbstschutzu we wrześniu 1939 r. […] Ćwiczenia te ja przeprowadzałem na polecenie Hauptkego. Byłem sierżantem w wojsku niemieckim w czasie pierwszej wojny światowej, dlatego znałem musztrę wojskową. Ćwiczenia te przeprowadzałem w każdą niedzielę, przez okres dwóch miesięcy. Po upływie dwóch miesięcy zostałem zwolniony z Selbstschutzu.
