Zaleski objął urząd 9 czerwca 1947 roku, po śmierci prezydenta Władysława Raczkiewicza. Ponieważ uprzednio wyznaczonym następcą prezydenta był Tomasz Arciszewski, zmiana ta wywołała spory w środowisku polskiej emigracji politycznej.
Funkcję Prezydenta na Uchodźstwie pełnił od 1947 roku aż do swej śmierci w 1972 roku. Choć stanowisko piastował przez 25 lat i był doświadczonym dyplomatą, podczas swej prezydentury zmagał się z licznymi trudnościami.
W 1954 r., po zakończeniu kadencji, Zaleski zdecydował się pozostać na swoim urzędzie, do czego prawo dawała mu konstytucja kwietniowa. Środowisko emigracyjne odwróciło się od niego, powołując kolegialny urząd głowy państwa w składzie: gen. Władysław Anders, Tomasz Arciszewski (po jego śmierci gen. Tadeusz Bór-Komorowski) i Edward Raczyński.
August Zaleski zmarł 7 kwietnia 1972 r. w Londynie.
W Świątyni Opatrzności Bożej w Warszawie funkcjonuje Mauzoleum Prezydentów RP na Uchodźstwie. Spoczęły w nim sprowadzone do Polski szczątki trzech pierwszych prezydentów RP na uchodźstwie – Władysława Raczkiewicza, Augusta Zaleskiego i Stanisława Ostrowskiego. Wraz z Mauzoleum otwarto Izbę Pamięci Prezydentów RP na Uchodźstwie. Inicjatorami powstania placówki są Fundacja „Pomoc Polakom na Wschodzie” oraz Instytut Pamięci Narodowej.