21 lipca 1950 r. został aresztowany przez funkcjonariuszy MBP, a 24 grudnia 1951 r. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie pod przewodnictwem mjr. Mieczysława Widaja skazał go na karę 12 lat więzienia.
Represje za działalność w ruchu ludowym
Sąd uznał go za winnego popełnienia przestępstwa z art. 86§2 KKWP (uczestniczenia w nielegalnych organizacjach mających na celu usiłowanie przemocą zmiany „ludowo-demokratycznego ustroju Państwa Polskiego”) oraz przestępstwa z art. 7 w związku z art. 15§2 dekretu z 13 czerwca 1946 r. (zbieranie wiadomości stanowiących tajemnicę wojskową i państwową oraz przekazywanie ich Stanisławowi Mikołajczykowi i organizacji WiN). Franciszka Kamińskiego skazano za czyny, których nie popełnił.
Na podkreślenie zasługuje fakt, że podczas rozprawy świadek Ludwik Borek opowiedział o torturach, jakim w Olsztynie poddali go funkcjonariusze UB, aby wymusić zeznania obciążające Kamińskiego. Oświadczenie to (zignorowane przez sąd) miało duże znaczenie w kontekście późniejszych starań Kamińskiego o uniewinnienie. Wyrok ten stanowi przykład powojennych represji zastosowanych przez komunistów wobec działaczy ruchu ludowego.
Po wyjściu z konspiracji i ujawnieniu we wrześniu 1945 r. Kamiński podjął działalność polityczną w Polskim Stronnictwie Ludowym. Na Kongresie Stronnictwa w styczniu 1946 r. został wybrany do jego władz – Rady Naczelnej oraz Naczelnego Komitetu Wykonawczego, od maja 1946 r. do października 1947 r. był kierownikiem Wydziału Organizacyjnego NKW PSL. Od grudnia 1945 r. był posłem do Krajowej Rady Narodowej, a 19 stycznia 1947 r. został wybrany na posła do Sejmu Ustawodawczego.
Po wyjeździe z Polski Stanisława Mikołajczyka w październiku 1947 r. władzę w Stronnictwie przejęli zwolennicy komunistów, którzy 19 maja 1949 r., wobec odmowy złożenia samokrytyki, wykluczyli Kamińskiego z PSL. Od tego czasu był posłem niezależnym i mimo nacisków Rady Naczelnej PSL i presji komunistów nie złożył mandatu poselskiego.
Franciszek Kamiński był więziony na Mokotowie, w Rawiczu i Potulicach. Odzyskał wolność 26 kwietnia 1956 r. Pół roku później Zgromadzenie Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego uchyliło wyrok WSR w Warszawie z 24 grudnia 1951 r. i postanowienie Najwyższego Sądu Wojskowego z 25 stycznia 1952 r. i postanowiło postępowanie w sprawie Franciszka Kamińskiego „umorzyć z braku dostatecznych dowodów winy”.
