W okresie poprzedzającym wybuch wojny obie placówki cieszyły się bardzo dobrą opinią, a stosowane w nich metody wpisywały się w kanon najnowocześniejszych jak na owe czasy praktyk medycznych. Była to zasługa dyrekcji placówek, która poprzez szeroko rozumianą wymianę doświadczeń w środowisku lekarzy psychiatrów, poprawiała standardy leczenia.
Należy wspomnieć, że stojący na czele świeckiego szpitala dyrektor Józef Władysław Bednarz czy kocborowskiej placówki Stanisław Kryzan cieszyli się bardzo dużym poważaniem w środowisku lekarskim. Ten stan rzeczy uległ zmianie już 1 września 1939 r., kiedy na teren Pomorza wkroczył Wehrmacht.
SS-Wachsturmbann „Eimann” w Kocborowie
Niemcy zajęli Starogard 2 września, jednak regularne oddziały nie wkroczyły na teren szpitala psychiatrycznego.
Został on odcięty kordonem. Dwa dni później do placówki przybyli pierwsi funkcjonariusze SS-Wachsturmbann „Eimann”. Jednostka ta powołana w lipcu 1939 r. w Gdańsku po udziale w walkach na terenie miasta została oddelegowana do zadań związanych z realizacją założeń akcji „T-4”. Polegały one na masowym uśmiercaniu chorych psychicznie, którzy zdaniem niemieckich środowisk lekarskich i rządzących stanowili „zbędny balast dla społeczeństwa”.
Według powojennych zeznań świadków wraz z oddziałem do Kocborowa wkroczyła specjalna komisja, której zadaniem było podzielenie chorych na kategorie. Na jej czele stał główny koordynator akcji w późniejszym Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie – prof. Erich Großmann. Sam będąc lekarzem eugenikiem, a w okresie przedwojennym szefem gdańskiej medycyny, podjął się przy pełnej aprobacie Alberta Forstera, realizacji założeń akcji „T-4”.
Przed rozpoczęciem akcji T-4
W momencie rozpoczęcia okupacji w kocborowskim szpitalu i na leczeniu pozaszpitalnym znajdowało się około 2 tys. chorych. Część z nich została zwolniona do domów lub ukryta przez polskich pracowników szpitala. Po objęciu obiektu niemieckim zarządem Polacy zostali odsunięci od wszelkich obowiązków administracyjnych, a ich miejsce zajął niemiecki personel przybyły ze szpitali na gdańskim Srebrzysku oraz w Prabutach. Część z Polaków tworzących przedwojenną administrację została zamordowana przez Niemców. Nowym komisarycznym dyrektorem został pochodzący z Gdańska dr Waldemar Schimanski, który w 1941 roku zmienił nazwisko na Siemens. W ten sposób placówka została przygotowana do akcji „T-4”.
Masowe morderstwa
Jej realizację rozpoczęto 22 września 1939 r., kiedy członkowie SS-Wachsturmbann „Eimann” zamordowali w Lesie Szpęgawskim pierwszych 88 pacjentów.