Uczestniczył w Zjeździe Paryskim – spotkaniu działaczy organizacji robotniczych, uznanym za zjazd założycielski PPS. W latach 90. XIX w. Wojciechowski wchodził do kierującego partią Centralnego Komitetu Robotniczego. Zakupił w Lipsku maszynę drukarską, na której – po nauce zecerki i potajemnym sprowadzeniu jej do kraju – drukował w Wilnie „Robotnika”. Razem z Piłsudskim był współredaktorem tego pisma.
Po rewolucji 1905 roku zrezygnował z działalności w PPS. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, w latach 1919–1920, był ministrem spraw wewnętrznych. Należał do Polskiego Stronnictwa Ludowego „Piast”.
Po zabójstwie w warszawskiej Zachęcie pierwszego prezydenta II Rzeczypospolitej Gabriela Narutowicza (16 grudnia 1922 roku), obowiązki głowy państwa przejął marszałek Sejmu Maciej Rataj. Niestabilna sytuacja wewnętrzna wymagała jednak możliwie najszybszego ogłoszenia terminu nowych wyborów prezydenckich.
20 grudnia 1922 r. Zgromadzenie Narodowe na stanowisko prezydenta RP wybrało Stanisława Wojciechowskiego. W swym orędziu do rodaków podkreślał potrzebę stworzenia stabilnych i trwałych rządów oraz nawoływał zwaśnione grupy polskiego społeczeństwa do wspólnej i wytężonej pracy na rzecz kraju.
Wojciechowski miał wpływ na treść rozporządzeń dotyczących reformy walutowej w 1924 r. Ważnym aspektem działalności prezydenta stało się dbanie o rozwój przemysłu oraz polskiej spółdzielczości.
W okresie prezydentury Wojciechowskiego sytuacja w kraju oraz ta międzynarodowa były gorące. Doprowadziło to do przesilenia w maju 1926 roku. Wojciechowski stanął wówczas po stronie gabinetu Wincentego Witosa, tym samym sprzeciwiając się swemu wieloletniemu przyjacielowi Józefowi Piłsudskiemu. 12 maja z samego rana Marszałek udał się do Prezydenta, aby interweniować i ratować napiętą wówczas sytuację w kraju – Belweder był jednak zamknięty. To wszystko doprowadziło do otwartego starcia zbrojnego na ulicach Warszawy.
Około godz. 17:00 na moście Poniatowskiego doszło do słynnego spotkania i rozmowy Piłsudskiego z Wojciechowskim, która do dziś nie jest dokładnie znana. Wiemy jednak, że nie przyniosła żadnego rozwiązania sporu. Wsiadając do samochodu, prezydent zwrócił się do podchorążych, którzy pilnowali przejścia na lewą stronę Wisły, słowami: „Żołnierze, spełnijcie swój obowiązek!”.
Po kilkudniowych walkach i długich naradach prezydent Wojciechowski postanowił złożyć rezygnację z urzędu na ręce marszałka Sejmu Macieja Rataja. Ten, po rozmowach z Piłsudskim, zlecił tworzenie nowego rządu Kazimierzowi Bartlowi, uznawanemu za polityka umiarkowanego. Ustępując z urzędu, Wojciechowski wycofał się z życia publicznego i udał się do Spały.
Podczas II wojny światowej odmówił kolaboracji z Niemcami i komunistami.
Zmarł 9 kwietnia 1953 r. Został pochowany w rodzinnym grobowcu na Cmentarzu Powązkowskim.
