„Od września do grudnia 1939 r. [Pomorze] skąpane zostało we krwi tak obficie, że nie można go właściwie porównywać w tym względzie z innymi obszarami okupowanymi” – pisał Czesław Madajczyk, wybitny znawca historii czasu okupacji.
W 1938 r. dokonano zmian granic województwa pomorskiego, przyłączając do niego kolejne powiaty. Od tego czasu województwo ze stolicą w Toruniu określano mianem Wielkiego Pomorza. W jego skład wchodziły m.in. Pomorze i Kujawy.
Po wkroczeniu do Polski we wrześniu 1939 r. Niemcy rozpoczęli na tych ziemiach eksterminację polskiej ludności na masową skalę, przez historyków nazywaną zbrodnią pomorską 1939. Niemiecka polityka przewidywała całkowitą germanizację tych terenów.
Zburzyć synagogi i kościoły
Z powodu zniszczeń dokonanych przez okupanta z lat 1939–1945 w krajobrazie, zabudowie miast, miasteczek i wsi w wielu miejscach powojenne Pomorze i Kujawy nie przypominały już tych z okresu II RP. Niektóre elementy lokalnego krajobrazu, stanowiące o jego wyjątkowości, zniknęły bezpowrotnie.
Niemcy likwidowali zabudowę i małą architekturę w ramach systematycznych akcji. Inne obiekty ucierpiały w czasie działań wojennych we wrześniu 1939 r. oraz od stycznia do marca 1945 r. w wyniku przesuwania się frontu, kolejne ulegały dewastacji przez zaniedbanie. Nie zmienia to jednak faktu, że genezą wszystkich zniszczeń był niemiecki atak na Polskę. Już we wrześniu 1939 r. spłonęła apteka na inowrocławskim Rynku. W Grzywnie na przedmieściach Włocławka w grudniu 1939 r. Niemcy przeprowadzili masowe egzekucje i spalili zabudowania.
Okupanci tworzyli plany nowej zabudowy pomorskich i kujawskich miast, ale nie dochodziły one do skutku. Niemniej przeprowadzali akcje wyburzania. W powiecie sępoleńskim zniszczyli zabytkowe budownictwo, dwory i pałace: w Sośnie, Runowie Krajeńskim i Kamieniu Krajeńskim. W Rypinie w grudniu 1939 r. zarządzili rozebranie średniowiecznej bramy. W Bydgoszczy zburzyli synagogę i budynki gminy żydowskiej. Bardzo bolesną stratą dla tego miasta było zlikwidowanie zachodniej ściany Starego Rynku wraz kościołem Jezuitów pw. św. Ignacego Loyoli.
Także w innych częściach regionu budownictwo sakralne i obiekty związane z kultem religijnym poniosły poważne straty. Jeszcze jesienią 1939 r. Niemcy rozebrali kościół stojący na Rynku w Tucholi. W Bydgoszczy, poza zniszczeniami już wymienionymi, usunęli 2 rzeźby i pomniki Serca Jezusowego oraz figurę Matki Boskiej. Przestały istnieć niemal wszystkie przydrożne kapliczki i krzyże.
W 1945 r. w bydgoskiej prasie pisano, że w mieście też nie pozostała ani jedna kapliczka czy krzyż. Zlikwidowali cmentarze żydowskie, m.in w Ciechocinku, Golubiu i Dobrzyniu nad Drwęcą, Lipnie, Lubiczu, Nakle nad Notecią, Nowem, Piotrkowie Kujawskim, oraz synagogi w Aleksandrowie Kujawskim, Barcinie, Brodnicy, Brześciu Kujawskim, Bydgoszczy, Ciechocinku, Chełmnie, Chełmży, Chojnicach, Dobrzyniu nad Drwęcą i Golubiu, Fordonie, Grudziądzu, Inowrocławiu, Kcyni, Koronowie, Kruszwicy, Lipnie, Lubiczu, Lubieniu, Łabiszynie, Nakle nad Notecią, Nowem, Pakości, Piotrkowie Kujawskim, Rypinie, Służewie, Świeciu, Toruniu, Więcborku, Włocławku.
Fontanna przetopiona na armaty
Masowych zniszczeń Niemcy dokonali w małej architekturze, pomnikach, fontannach, czyli elementach budujących lokalne tożsamości i estetykę. Powstały przede wszystkim w okresie II RP i upamiętniały m.in. ważne wydarzenia historyczne. Nie sposób wymienić je wszystkie, oto kilka przykładów: w Brodnicy Niemcy zburzyli pomnik i kapliczkę poświęcone polskim żołnierzom; w Chojnicach – pomniki Nieznanego Żołnierza, Jana III Sobieskiego, Matki Bożej Królowej Polski, Chrystusa Króla; w Grudziądzu – pomnik Nieznanego Żołnierza, tablicę upamiętniającą Słowackiego, płytę z brązu poświęconą Józefowi Piłsudskiemu, popiersia Piłsudskiego i Stanisława Moniuszki. W Bydgoszczy zniszczono 21 pomników i rzeźb (90 proc. stanu ogólnego). Usunięto pomniki: Henryka Sienkiewicza, postawiony w 1927 r. jako pierwszy w Polsce, Powstańca Wielkopolskiego, poległych żołnierzy 16. Pułku Ułanów Wielkopolskich, 61. Pułku Piechoty Wielkopolskiej i 62. Pułku Piechoty, popiersie Piłsudskiego i kompozycję rzeźbiarską „Potop” w formie fontanny.
Kolejna fala zniszczeń dotknęła Pomorze i Kujawy w czasie wycofywania się Niemców i walk z Armią Czerwoną. Sowiecka ofensywa rozpoczęła się w styczniu 1945 r., do marca okupant został wyparty z regionu. Oddziały niemieckie, uchodząc przed Sowietami, niszczyły strategiczne elementy zabudowy, jak mosty, wiadukty, zakłady przemysłowe. Nie poprzestano jednak na tym: uciekając z Chełmna, Niemcy podpalili miasto i zdewastowali dworzec kolejowy, w Mroczy (pow. wyrzyski) spalili budynek Zarządu Miejskiego; w Bydgoszczy niszczyli mosty, budynki mieszkalne i przemysłowe. W ścisłym centrum miasta stał elegancki gmach teatru oddany do użytku w 1896 r. Na przełomie 1944 i 1945 r. budynek był zniszczony przez naloty bombowe, ale nadawał się do odbudowy. Pod koniec stycznia 1945 r. spłonął, najpewniej podpalony przez czerwonoarmistów. Wkrótce został całkowicie rozebrany.
W trakcie walk niemiecko-sowieckich w 1945 r. największe straty w regionie poniósł Grudziądz. Jeszcze przed ofensywą Armii Czerwonej okupant, przygotowując miasto do obrony, wyburzył kilkusetmetrowy ciąg zabudowań. Z mapy miasta zniknęły m.in. wieża „Klimek” – licząca ponad 600 lat pozostałość po zamku krzyżackim, luksusowy hotel „Królewski Dwór”, część spichrzy, uszkodzone zostały zabytkowa Brama Wodna i budynki klasztoru Benedyktynek.
W tym czasie kolejne straty poniosło budownictwo sakralne: w Komierowie (pow. sępoleński) w 1945 r. Niemcy wysadzili w powietrze świątynię; w wyniku działań wojennych zostały zniszczone bądź uległy poważnym uszkodzeniom kościoły w Chojnicach, Grudziądzu, Łabiszynie (pow. szubiński), Mroczy, Sępólnie Krajeńskim i powiecie sępoleńskim.
