1 czerwca 2021 r. dr Karol Nawrocki został powołany na stanowisko zastępcy prezesa Instytutu Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu. Decyzja o powołaniu została pozytywnie zaopiniowana przez Kolegium Instytutu.
Zastępca prezesa IPN dr Karol Nawrocki będzie m.in. koordynował międzynarodowy projekt edukacyjno-memoratywny „Szlak Nadziei”, dotyczący losów polskich żołnierzy walczących u boku aliantów podczas II wojny światowej.