Był synem Józefa i Julianny, urodził się 6 maja 1882 r. w Krasowie Wielkim. W 1900 r. ukończył gimnazjum w Piotrkowie Trybunalskim i jeszcze w tym samym roku rozpoczął studia na Wydziale Fizyko-Matematycznym Uniwersytetu Warszawskiego. Rok później przeniósł się na Wydział Chemiczny Warszawskiego Instytutu Politechnicznego. Zaangażował się w życie polityczne. W 1901 r. wstąpił do Związku Młodzieży Polskiej „Zet” i prowadził działalność publicystyczną. W 1908 r. ukończył Wyższą Szkołę Techniczną w Pradze. Powrócił do kraju i w 1912 r. ukończył Studium Rolnicze Uniwersytetu Jagiellońskiego. Służył w I Kompanii Kadrowej J. Piłsudskiego oraz w 1. Pułku Ułanów Legionów Polskich. W latach 1919-1921 pracował w Ministerstwie Rolnictwa i Dóbr Państwowych. W 1921 r. był ministrem pracy i opieki społecznej w rządzie W. Witosa, w 1925 r. podsekretarzem stanu w Ministerstwie Pracy i Opieki Społecznej, a w 1926 r. ponownie ministrem pracy i opieki społecznej.
Był współzałożycielem Narodowej Partii Robotniczej i z ramienia tej partii został posłem na Sejm w latach 1928-1935. W 1937 r. został członkiem Stronnictwa Pracy. Po wybuchu wojny działał w instytucjach opieki społecznej oraz zaangażował się w działalność konspiracyjną Stronnictwa Pracy. W konspiracji posługiwał się pseudonimami: „Soból”, „Jan”, „Klonowski” i „Sobolewski”.
W 1941 r. został dyrektorem Departamentu Pracy i Opieki Społecznej Delegatury Rządu RP na Kraj, a pod koniec 1942 r. został mianowany zastępcą Jana Piekałkiewicza – Delegata Rządu RP na Kraj. W kwietniu 1943 r. objął posadę Delegata Rządu na Kraj. Od 1944 r. był wicepremierem i kierował Krajową Radą Ministrów. Pod koniec lipca 1944 r. po konsultacjach z gen. Tadeuszem Bór-Komorowskim, gen. Tadeuszem Pełczyńskim, gen. Leopoldem Okulickim i płk. Antonim Chruścielem zatwierdził decyzję o rozpoczęciu Powstania Warszawskiego. Po upadku powstania przebywał w Pruszkowie.
W marcu 1945 r. Jankowski zdecydował się wziąć udział w rozmowach prowadzonych z Sowietami. 28 marca został podstępnie aresztowany przez NKWD, przetransportowany do Moskwy i osadzony w więzieniu na Łubiance. Wraz z piętnastoma innymi przywódcami Polski Podziemnej brał udział w tzw. procesie szesnastu. „Prowokacja pruszkowska” i późniejszy tzw. proces szesnastu pokazał prawdziwe oblicze komunistycznych władz. 21 czerwca 1945 r. został skazany przez Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego ZSRS na osiem lat więzienia. Mimo wstawiennictwa Rządu Emigracyjnego, nie udało się uwolnić Polaków z rąk Sowietów.
Jan Stanisław Jankowski zmarł 13 marca 1953 r. (dwa tygodnie przed końcem kary) w niewyjaśnionych okolicznościach w więzieniu we Włodzimierzu. Spoczął w zbiorowej mogile na przywięziennym cmentarzu.
W październiku 1989 r. Prokurator Generalny PRL zwrócił się do Prokuratury Generalnej Związku Sowieckiego o postępowanie rehabilitacyjne w sprawie skazanych w procesie szesnastu. 19 kwietnia 1990 r. Plenum Sądu Najwyższego ZSRS orzekło, że w działalności oskarżonych nie było cech przestępstwa i uznało wyniki postępowania rehabilitacyjnego.
W latach 2003-2009 Główna Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu – Instytutu Pamięci Narodowej prowadziła śledztwo w sprawie moskiewskiego procesu przywódców Polskiego Państwa Podziemnego. Śledztwo zostało jednak umorzone po tym, jak Główna Prokuratura Wojskowa Federacji Rosyjskiej odmówiła udzielenia pomocy prawnej w tej sprawie.
Z okazji 70. rocznicy uprowadzenia przywódców Polskiego Państwa Podziemnego, IPN w ogólnorosyjskim wydaniu „Komsomolskiej Prawdy” apelował do Rosjan, że być może jeszcze żyje ktoś, kto pamięta, ma jakąkolwiek wiedzę na temat losów polskich przywódców po ich uwięzieniu. Zwłaszcza tych trzech, którzy sowieckich więzień nie przeżyli, nigdy nie wrócili do Polski. Niestety odzew był dość niewielki i nie przyniósł nowych informacji.
Dowiedz się więcej:
- Ryszard Sodel: Proces szesnastu
- Michał Wenklar: Aresztowanie szesnastu przywódców Polskiego Państwa Podziemnego
- Sławomir Kalbarczyk: Proces Szesnastu we wspomnieniach oskarżyciela
- Andrzej Chmielarz: Aresztowanie Szesnastu. Rekonstrukcja
- Piotra Stanek: Szesnastu uprowadzonych
- Roksana Szczypta-Szczęch: Wyrok na szesnastu zapadł zanim rozpoczęła się rozprawa
- Proces Szesnastu na portalu przystanekhistoria.pl
- Proces szesnastu – dodatek historyczny do „Gazety Polskiej” z 17 czerwca 2020