W czasie okupacji niemieckiej wybudowano tu 12 piętrowych bloków dla pracowników. Utworzyły one osiedle znane dziś jako Osiedle Drewniane. W pracę konspiracyjną w ramach Podobwodu Sędziszów „Niwa” (Obwodu Jędrzejów AK) zaangażowali się niemal wszyscy pracownicy stacji kolejowej Sędziszów. Od kolejarzy uzyskiwano dane dotyczące niemieckich transportów kolejowych. Byli kurierami, wykonywali ponadto zadania wywiadowcze i sabotażowe. Dowódcami sekcji dywersji kolejowej w Sędziszowie byli Władysław Pajączek ps. Młot oraz Jan Kulawik ps. Orlik.
Styczniowa wsypa
18 stycznia 1944 r. w Sędziszowie aresztowano 21-letniego Henryka Zientarskiego oraz jego brata 17-letniego Wiesława. Osadzono ich w więzieniu przy ul. Zamkowej w Kielcach, gdzie Niemcy poddawali ich długim i okrutnym torturom. Eugeniusz Adamczyk na łamach książki Mój udział w kontrwywiadzie Armii Krajowej wspominał:
„Gestapo zaraz po tej wsypie nie przeprowadziło żadnych aresztowań, spodziewając się, że zagrożeni ludzie będą się pilnować. Odczekano więc dwa miesiące i w ten sposób uśpiono czujność naszych ludzi. Nie wpadli w ręce wroga tylko ci, którzy poważnie potraktowali grożące im niebezpieczeństwo”.
Marcowe aresztowania
W nocy z 10 na 11 marca 1944 r. żandarmeria niemiecka z Jędrzejowa otoczyła Osiedle Drewniane, Rynek oraz Stację PKP. Niemcy dokonywali przeszukań i aresztowań według przygotowanych list, na których znaleźli się żołnierze Armii Krajowej. Gdy ich nie było w domu, zabierano kogoś z domowników lub przypadkowo spotkanych mieszkańców Sędziszowa. Aresztowano kilkadziesiąt osób. Władysław Sało, żołnierz AK wspominał:
„Potem nadeszła noc, chyba 1944 r. Niemcy otoczyli osiedle kolejowe i rozpoczęła się tragedia na placówce «Miedza». Aresztowano parędziesiąt osób, w tym i mnie zatrzymano przed domem. Ale gdy cały «sztab» żandarmów odszedł, pilnujący mnie Niemiec kazał mi odejść. W międzyczasie żona moja z okna zobaczyła, że mnie zatrzymano, dostała szoku, a ponieważ była w siódmym miesiącu ciąży, zemdlała i przyszło to najgorsze…. poród przedwczesny. Ratowały ją sąsiadki – szczególnie Pani Kondrakowa. Dziecko żyło 4 dni i potem zmarło”.
Aresztowanych przetrzymywano początkowo w Jędrzejowie, a następnie w więzieniu w Kielcach przy ul. Zamkowej.
Odwet w Chmielniku
W lutym 1944 r. w walce z partyzantami w Śladkowie Małym zginął Hass, komendant posterunku żandarmerii niemieckiej w Chmielniku, oraz dwóch żandarmów – Cieślik oraz Freide. W Chmielniku ukazały się afisze informujące lokalną społeczność, że w ramach odwetu za ich śmierć zostanie rozstrzelanych 60 Polaków. 17 marca 1944 r. na cmentarzu przy ul. Mruczej w Chmielniku rozstrzelano 16 mężczyzn. Gros z nich stanowili kolejarze z Sędziszowa.
Opis mordu
W godzinach popołudniowych od strony Kielc nadjechały trzy samochody ciężarowe. W egzekucji rozstrzelano 14 lub 16 mężczyzn. Niemcy popędzili aresztowanych w kierunku cmentarza. Mężczyzn ustawiono szeregiem pod murem cmentarnym od strony południowo-wschodniej. Ofiary miały związane ręce. Rozstrzelano ich serią z karabinów maszynowych. Tych, którzy dawali oznaki życia, dobijano z rewolweru. Roman Pakosiński zeznawał po wojnie:
„[Jeśli] który później jeszcze się rzucał, to żandarm Krauze kopał nogami i dobijał z rewolweru”.
Według relacji Stanisława Bieleckiego:
„…Kazali im uklęknąć i dał się słyszeć okrzyk: «Niech żyje Polska», zagłuszony strzałami z karabinu maszynowego… Tymczasem lud rozbiegł się z kościoła w popłochu…, ale oto ksiądz wikary ukrył się na wieży z krzyżem świętym w ręku i modlił się za konających…”.
Niemcy nakazali kilku mieszkańcom Chmielnika pochować ciała pomordowanych. Wiosną 1945 r. ciała ofiar przewieziono z miejsca stracenia do Sędziszowa.
