Z biegiem lat coraz bardziej rozrastało się logistyczne zaplecze urzędu. Jak już powiedziano, w 1945 r. wszystkie komórki z nim związane podporządkowane były kierownikowi Wydziału III - Zaopatrzenia. W 1946 r. zmieniono jego nazwę na Wydział Gospodarczy (zbudowany przede wszystkim na bazie dawnej Sekcji Gospodarczej), a od 1 VI 1948 r. na Wydział Zaopatrzenia. Równolegle w miejsce stanowisk oficerów odpowiedzialnych za poszczególne dziedziny (np. oficer kwaterunkowy) pojawiły się wieloosobowe Sekcje: Kwaterunkowo-Budowlana, Mundurowa, Transportowa, Uzbrojenia, Żywnościowa. W pierwszym kwartale 1949 r. nastąpiła zasadnicza reorganizacja tego pionu, poprzez utworzenie w miejsce Wydziału Zaopatrzenia - Kwatermistrzostwa, będącego "czapką" nad poszczególnymi Służbami (w które przekształciły się Sekcje) kierowanymi przez własnych naczelników. Po kilku miesiącach zmian szczegółów tej koncepcji zatwierdzono ostatecznie etaty w Kwatermistrzostwie wstecz z datą 1 I 1949 r.
Utrzymywaniem łączności radiowej między jednostkami aparatu bezpieczeństwa i zabezpieczeniem specjalnej łączności władz w pierwszych latach zajmowała się jedna z sekcji (Łączności, 4) Wydziału II. Z dniem 1 IX 1950 r. w WUBP powołano do tego celu osobny Wydział Łączności. Tak samo w Wydziale II umiejscowiona była przez długi czas komórka odpowiedzialna za pracę z szyframi (od września 1950 r. pod nazwą Referat Szyfru, od kwietnia 1951 r. - Sekcja Szyfru). Od 1 XI 1952 r. utworzono z niej Samodzielną Sekcję "C".
Zapewne jeszcze w 1945 r. do Wydziału II (z III - Zaopatrzenia) przeszła Poczta Specjalna. Wraz z wydzieleniem Wydziału Łączności znalazła się w nim także Poczta Specjalna.
W listopadzie 1949 r. (po półrocznych przygotowaniach) powołano specjalną komórkę odpowiedzialną za sprawy mobilizacyjne - Sekcję Mobilizacyjną (od 1951 r. Samodzielna Sekcja Wojskowa). Na przełomie 1954 i 1955 r. przekazano ją do MSW.
Specyficzną rolę w strukturze WUBP odgrywał Inspektorat Kierownictwa. Z jednej strony umieszczano w nim na etacie inspektorów i starszych inspektorów doświadczonych funkcjonariuszy, którzy nadzorowali jakość pracy operacyjnej i śledczej w komórkach WUBP lub w terenie albo sami kierowali większymi rozpracowaniami czy operacjami. Z drugiej, znajdował się tam etat dla sekretarza Komitetu PZPR przy WUBP. Dopiero od października 1953 r. przeniesiono go na etat utworzonej wtedy tzw. Grupy Politycznej (obok niego ulokowano tam kilku innych zasłużonych towarzyszy).
Grudzień 1954 r. przyniósł rozwiązanie Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego i zastąpienie go Komitetem do spraw Bezpieczeństwa Publicznego. Jednak zmiana ta - szczególnie w terenie - nie dokonała się natychmiast i aż do kwietnia 1955 r. trwał okres przejściowy. Posługiwano się w tym czasie równolegle (wymiennie) nazwami starych i nowych struktur. Dopiero z dniem 1 IV 1955 r. zatwierdzono nowe etaty w WUdsBP w Kielcach i oficjalnie wprowadzono nową strukturę. Podstawowe piony operacyjne pozostały bez zmian, niektórym zmieniono numerację, większe przekształcenia dotknęły natomiast wydziały operacyjno-techniczne i zaplecze.
Nie było w WUdsBP wydziału oznaczonego cyfrą I, gdyż dotychczasowy Wydział I (kontrwywiad) otrzymał nazwę Wydział II. Wydziały III i IV nie zmieniły swojego oznaczenia ani zainteresowań. Wydział V WUdsBP był dawnym Wydziałem VIII WUBP (komunikacja i transport). Rozpracowaniem Kościoła i sprawami wyznaniowymi zajmował się teraz Wydział VI (dawny XI). Wydział VII WUdsBP powstał z cieszącego się ponurą sławą Wydziału Śledczego. Nie było w WUdsBP także wydziału oznaczonego cyfrą VIII (w centrali Departament VIII przejął zadania Biura Ochrony Rządu).
Większe zmiany zaszły w dawnym Wydziale II WUBP, który podzielono na dwa nowe: IX - zajmujący się techniką operacyjną i perlustracją korespondencji oraz X - ewidencją operacyjną i archiwum.
Zmieniono nazwy także innych jednostek organizacyjnych: Wydział "A" WUBP stał się Wydziałem "B" WUdsBP (obserwacja zewnętrzna), Samodzielna Sekcja "C" stała się Samodzielną Sekcją "A" (szyfry), Inspektorat Kierownictwa - Inspektoratem Kierownika.
Część komórek WUBP w strukturze WUdsBP przestała istnieć jako jednostki samodzielne, lecz została włączona do innych wydziałów: zadania Wydziału ds. Funkcjonariuszy przejął Wydział Kadr i Szkolenia, a Wydziału do Walki z Bandytyzmem - Wydział III, funkcjonariusze Inspektoratu Wiejskiego trafili z powrotem do Wydziału IV.
Wspomniano już, że w ramach reorganizacji na przełomie 1954 i 1955 r. część struktur przekazano do MSW. Były to: Wydział Więziennictwa, Wydział Służby Zdrowia, Szpital, Samodzielna Sekcja Wojskowa. Do KW MO w Kielcach przekazano także część służb Kwatermistrzostwa, z pozostałych stworzono Służbę Zaopatrzenia, Służbę Kwaterunkowo- Budowlaną i Służbę Samochodową Wydziału Administracyjno-Gospodarczego, który przejął też zadania zlikwidowanego Samodzielnego Referatu Socjalnego. Zlikwidowano Samodzielną Sekcję ds. Kultury i Oświaty oraz Samodzielną Sekcję ds. Kultury Fizycznej. Nadal w ramach WUdsBP funkcjonowały Wydział Finansowy, Wydział Łączności i Komendantura.
Tuż przed likwidacją UB, w listopadzie 1956 r. utworzono w WUdsBP w Kielcach ekspozyturę Departamentu I KdsBP - Samodzielną Grupę Specjalną, która wykonywała zadania na rzecz wywiadu zlecone przez centralę, przede wszystkim typowała i werbowała agenturę do pracy za granicą.
Od stycznia do grudnia 1945 r. teren samego miasta Kielce podlegał kontroli ze strony Miejskiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Kielcach. Jego struktura odzwierciedlała strukturę WUBP. Z końcem roku 1945 MUBP w Kielcach przestał istnieć, a jego funkcjonariusze zasilili struktury WUBP.
Trzecim urzędem bezpieczeństwa publicznego, którego siedziba znajdowała się w Kielcach, był Powiatowy Urząd Bezpieczeństwa Publicznego, który swoją kontrolą operacyjną obejmował teren powiatu kieleckiego (poza miastem Kielcami). Był on jednym z ponad trzydziestu PUBP, które podlegały w latach 1945-1955 zwierzchnictwu WUBP w Kielcach (specyfiką województwa kieleckiego były w tym czasie liczne zmiany granic administracyjnych województwa i siedzib powiatów). Także jego struktura powielała w zarysie strukturę WUBP. W ślad za zmianami w resorcie od 1 IV 1955 r. utworzono w miejsce PUBP - Powiatowy Urząd do spraw Bezpieczeństwa Publicznego w Kielcach.
Zmiany w aparacie bezpieczeństwa zapoczątkowane wydarzeniami Października '56 konkretną postać przybrały w terenie dopiero na przełomie 1956 i 1957 r. Choć formalnie Służbę Bezpieczeństwa utworzono 28 XI 1956 r. i z tą datą mianowano wstecznie naczelników wydziałów, faktycznie nowe struktury podjęły działalność w styczniu 1957 r. Funkcjonariuszy na niższe stanowiska mianowano z datą 1 I 1957 r. W nowym aparacie pozostały tylko zredukowane mocno piony operacyjne i operacyjno-techniczne, wszystkie służby pomocnicze i zaplecza znalazły się w KW MO.
Służbą Bezpieczeństwa kierował I zastępca komendanta wojewódzkiego MO ds. Bezpieczeństwa (potem ds. SB), w lipcu 1959 r. utworzono też etat (II) zastępcy komendanta ds. Bezpieczeństwa (ds. SB).
Inspektorat Kierownictwa Jednostek Bezpieczeństwa (później Inspektorat Kierownictwa SB) pełnił podobne funkcje jak w czasach WUBP/WUdsBP, czyli kontrolował pracę jednostek SB, wykonywał zadania zlecone przez szefa SB, a część jego inspektorów przejęła po 1 XI 1963 r. zadania Samodzielnej Grupy Specjalnej (ekspozytury Departamentu I), która wtedy została zlikwidowana.