Pod koniec 1945 r., wykorzystując kadry i doświadczenia byłej Sekcji 3 Wydziału I, zorganizowano Wydział V Społeczno-Polityczny. Objął on operacyjną "ochroną" legalne (z punktu widzenia komunistów) partie i organizacje polityczne, związki zawodowe, organizacje społeczne, szkolnictwo, środowiska naukowe i intelektualne, młodzież, instytucje kulturalne, administrację, a także Kościoły, związki wyznaniowe, organizacje religijne i środowiska świeckie z nimi związane. Po reorganizacji wydziału, od marca 1950 r. Sekcja 7 Wydziału V zajmowała się rozpracowywaniem "odchyleń" w PZPR i prowokacji w ruchu robotniczym przed 1944 r. W styczniu 1952 r. na jej bazie utworzono osobny Wydział X, który istniał do połowy 1954 r. (choć jego naczelnik pełnił formalnie tę funkcję jeszcze kilka miesięcy).
Oprócz "ochrony" ruchu komunistycznego z gestii Wydziału V wyłączono jeszcze na początku 1953 r. sprawy wyznaniowe, którymi zajął się powołany wtedy Wydział XI. Partia wkraczała wówczas w apogeum walki z Kościołem katolickim. Jednym z jej kluczowych momentów był urządzony we wrześniu tego roku pokazowy proces kieleckiego ordynariusza bp. Czesława Kaczmarka, aresztowanego od stycznia 1951 r.
W połowie lipca 1954 r. Wydział V połączono z Wydziałem III rozpracowującym podziemie i utworzono Wydział III o nowych zadaniach, którego naczelnikiem został dotychczasowy naczelnik Wydziału V.
Wydział III był jednym z "młodszych" w strukturze WUBP, gdyż zaczęto go organizować dopiero w pierwszych tygodniach 1946 r., początkowo pod nazwą Wydział VII. Został on utworzony z połączenia byłego Wydziału Walki z Bandytyzmem i byłej Sekcji 2 Wydziału I - w końcowym okresie jego formowania, w ostatnich dniach marca, zmieniono oznaczenie wydziału z VII na III. Rozpracowywał on i zwalczał pospolity bandytyzm, a także podziemie tzw. sanacyjne (głównie organizacje poakowskie, w tym Zrzeszenie "Wolność i Niezawisłość") i narodowe (endeckie) oraz konspiracje mniejszości narodowych. Nie ograniczał się przy tym do działań przeciwko czynnym członkom konspiracji, lecz rozpracowywał skład personalny i działalność całych środowisk zarówno w czasie okupacji, jak i przed wojną.
Jak wyżej wspomniano, w połowie lipca 1954 r. połączono Wydziały III i V, a nowa struktura oznaczona cyfrą III, uwzględniała zainteresowania obu poprzedniczek, z wyjątkiem bandytyzmu, którego zwalczanie powierzono powołanemu wtedy Wydziałowi Walki z Bandytyzmem. Formalnie ten ostatni istniał do końca marca 1955 r.
Zmiany wprowadzone pod koniec 1945 r. doprowadziły do przekształcenia z dniem 1 I 1946 r. dotychczasowej Sekcji 7 Wydziału I - zajmującej się obserwacją zewnętrzną i przeprowadzaniem wywiadów na zamówienie innych jednostek - w Wydział III"A", który od marca 1946 r. funkcjonował przez dziewięć lat pod nazwą Wydział "A" (marzec 1946-31 III 1955).
Te same zmiany podniosły też rangę komórki śledczej - z początkiem 1946 r. była Sekcja 8 Wydziału I przekształciła się w Wydział IV"A", który kilka miesięcy później przyjął nazwę Wydział Śledczy. Oprócz swych podstawowych zadań wynikających z nazwy, wydział ten prowadził bardzo intensywną pracę agenturalną, werbując informatorów wśród więźniów śledczych.
Obok wydziałów operacyjnych i operacyjno-technicznych istniało w WUBP wiele komórek, które można by określić jako zaplecze.
Obsługę kancelaryjną urzędu stanowiły dwa sekretariaty: Ogólny i Kierownictwa (obok nich istniały oczywiście sekretariaty poszczególnych wydziałów). Z dniem 1 VI 1948 r. w miejsce Sekretariatu powstał Wydział Ogólny, który pięć lat później zmienił nazwę na Wydział Ogólno-Administracyjny. Przyjmował i rozpatrywał on podania, wydawał zezwolenia (np. na posiadanie krótkofalówek), zajmował się zagadnieniami prawnymi. W ramach zmian w resorcie (tzw. skrótów kadrowych) pod koniec 1954 r. do Wydziału Ogólno-Administracyjnego włączono Sekretariat Kierownictwa.
Ochroną gmachu (i innych budynków należących do WUBP) oraz prowadzeniem Aresztu Wewnętrznego zajmowała się Komendantura, początkowo podporządkowana kierownikowi Wydziału III - Zaopatrzenia, od roku 1946 zapewne samodzielna, od 1 VI 1948 r. wchodząca w skład Wydziału Ogólnego.
Sekcja Finansowa podlegająca początkowo kierownikowi Wydziału III - Zaopatrzenia, od początku 1946 r. zyskała rangę samodzielnego Wydziału Finansowego. Kontrolę finansowo-gospodarczą urzędu sprawował w latach 1949-1954 Inspektorat Kontroli.
Istotną rolę w działalności WUBP odgrywała komórka stojąca na straży czystości szeregów, prowadząca dochodzenia w sprawach dyscyplinarnych, a także wykroczeń i przestępstw popełnianych przez pracowników. Była to utworzona w maju 1945 r. Sekcja, a od marca 1946 r. Wydział ds. Funkcjonariuszy.
Doborem kadr, załatwianiem formalności związanych z przyjęciem i zwolnieniem funkcjonariuszy, ich awansami, prowadzeniem akt osobowych zajmował się Wydział Personalny, od 1952/1953 r. Wydział Kadr. W pierwszych latach Sekcja 2 (Szkoleniowa) tego wydziału organizowała kursy Szkoły Specjalnej dla funkcjonariuszy, czyli dbała o przyswojenie przez nich podstawowych umiejętności operacyjnych. Następnie (1947/1948) podniesiono ją do rangi osobnego Wydziału Szkolenia, który istniał do września 1953 r., kiedy to sprawy szkolenia zawodowego skoncentrowano w ministerstwie.
Likwidując Wydział Szkolenia, wyłączono z niego komórki organizujące pracownikom aparatu bezpieczeństwa imprezy kulturalno-oświatowe i sportowe, a także nadzorujące tzw. gwardyjskie kluby sportowe, tworząc Samodzielną Sekcję ds. Kultury i Oświaty oraz Samodzielną Sekcję ds. Kultury Fizycznej.
Podobnie jak resortowe struktury organizowały pracownikom wypoczynek i rozrywkę we własnym gronie, tak specjalne sklepy i stołówki (kasyna) zapewniały im oddzielne od reszty społeczeństwa zaopatrzenie i wyżywienie. Zajmowała się tym najpierw Sekcja, potem Wydział, a od połowy 1948 r. Oddział Konsumu. W ramach reorganizacji resortu z dniem 1 I 1955 r. Konsumy przekazano do Ministerstwa Handlu Wewnętrznego, a ich pracownicy znaleźli się na etatach funkcjonariuszy Służby Więziennej delegowanych do Państwowego Przedsiębiorstwa Handlowego "Konsumy". Dopiero wraz z rozwiązaniem UB zostali odwołani z delegacji i zwolnieni z resortu.
WUBP w Kielcach dysponował też od początku własną służbą zdrowia, którą najpierw kierował naczelny lekarz WUBP, potem naczelnik Wydziału Zdrowia (od połowy lutego 1950 r. Wydziału Służby Zdrowia). Do dyspozycji funkcjonariuszy stała Poliklinika, następnie wielooddziałowy Szpital WUBP. Na przełomie 1954 i 1955 r. struktury te zostały przekazane z resortu bezpieczeństwa do MSW.
W latach 1951-1955 sprawami bytowymi pracowników wojewódzkiego aparatu bezpieczeństwa zajmował się Samodzielny Referat Socjalny z kierownikiem na czele.