Po zakończeniu walk w październiku 1944 r. w Warszawie Komenda Główna Armii Krajowej praktycznie dowodziła okręgami położonymi na zachód od linii frontu sowiecko-niemieckiego. Jednak wówczas nie było kontaktu z okręgami Pomorskim i Poznańskim.
Okręg Pomorski Armii Krajowej
Próby nawiązania łączności z Pomorzem podjęto w listopadzie 1944 r. Niezależnie od przerwanej łączności Okręg Pomorski AK prowadził pracę podziemną, przygotowując się do podjęcia otwartej walki. Od września do listopada 1944 r. łączniczka Komendy Okręgu – Irena Jagielska „Ewa” przekazała do niższych szczebli organizacyjnych wiele rozkazów, które wydał szef sztabu mjr Józef Chyliński „Kamień”, „Rekin”. W tym czasie zintensyfikowano kursy sanitarne oraz zabezpieczano kwatery i lokale konspiracyjne. Starano się zorganizować pomoc dla ludności cywilnej, która mogła zostać najbardziej dotknięta działaniami wojennymi. Prowadzono także nasłuch radiowy. Okręg Pomorski starał się rozbudowywać sieć wywiadu, zwłaszcza przemysłowego i kolejowego. Zwrócono też uwagę na wzmacnianie posterunków policji, a nawet wojska w obrębie Borów Tucholskich, gdzie egzystowały oddziały partyzanckie.
Rozkaz Komendy Okręgu Pomorskiego z 1 października 1944 r. nakazywał przeprowadzenie rozpoznania sił nieprzyjaciela i ewentualne przeciwdziałanie próbom niszczenia ważnych obiektów przez wycofujące się wojska niemieckie. Starano się więc rozpoznać lokalizację niemieckiego aparatu administracyjnego, sił policyjnych i wojskowych. Prawie wszystkie szczeble organizacyjne Okręgu Pomorskiego AK nadsyłały meldunki zawierające informacje o miejscach stacjonowania poszczególnych oddziałów wojska, policji i różnego rodzaju służb pomocniczych. Meldunki nadchodziły także z Podokręgu Północno-Zachodniego.
Częściowo zachowane dokumenty obejmują okres od czerwca do grudnia 1944 r., ale z relacji wiadomo, że obserwacja była prowadzona do końca okupacji niemieckiej. W czerwcu 1944 r. na Pomorzu pojawiły się sowieckie grupy desantowe o charakterze dywersyjno-wywiadowczym i rozpoznawczym, podlegające dowództwu 1. i 2. Frontu Białoruskiego. Operowały one do połowy lutego 1945 r. Oficjalnie ich zadaniem było prowadzenie dywersji i wywiadu za linią frontu, a także zaktywizowanie miejscowej partyzantki. Natomiast nieoficjalnie chodziło o rozpoznanie terenu, w tym organizacji podziemnych działających na Pomorzu, jak również rozpowszechnianie materiałów propagandowych utworzonego przez Stalina Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego.
Polskie oddziały partyzanckie miały stanowić zalążki odtwarzanych sił zbrojnych. Komenda Okręgu Pomorskiego kładła więc nacisk na rozwój partyzantki. Działalność ta rozwinęła się głównie w 1944 r. Do najbardziej znanych akcji należy zaliczyć m.in. uderzenie zgrupowania oddziałów partyzanckich „Świerki” i „Jedliny” wraz z grupą desantu sowieckiego na Czersk Świecki w nocy z 21 na 22 września 1944 r. Akcją dowodzili ppor. Alojzy Bruski z AK i por. Kazimierz Waluk z grupy desantowej. Zaatakowano magazyny i szkołę, w której znajdowali się niemieccy lotnicy. Wobec nadchodzącej pomocy oddziałów wojskowych od strony Świecia i Grudziądza, partyzanci wycofali się bez strat. Na przełomie października i listopada 1944 r. na prawym brzegu Czarnej Wody (Wdy) w rejonie Starej Rzeki i Błędna walki toczyły oddziały partyzanckie AK Antoniego Makowskiego „Groma” i Huberta Bukowskiego „Sójki” ze Zgrupowania „Cisy-100”. W działaniach tych brały również udział dwie grupy rozpoznawczo-dywersyjne Armii Czerwonej. Zginęło tam ok. 20 partyzantów, w tym 8 Rosjan. Straty niemieckie nie są znane.
W warunkach pomorskich tego typu wystąpienia zbrojne, jak i inne drobniejsze potyczki stanowiły duże osiągnięcie i podtrzymywały ludność na duchu. Do zwalczania partyzantki Niemcy musieli używać specjalnych skoszarowanych oddziałów pościgowych (Jagdkommando), żandarmerii, a nawet Wehrmachtu. Przeprowadzane akcje partyzanckie w drugiej połowie 1944 r. nie miały jednak związku z planami powstańczymi z 1941 i 1942 r. opracowanymi przez Komendę Związku Walki Zbrojnej-Armii Krajowej ani później z „Burzą”.
W dotychczasowej literaturze przedmiotu dominował pogląd, że obszar Pomorza został objęty akcją „Burza”. Trzeba jednak postawić pytanie, czy rzeczywiście tak było, czy też planowano wystąpienia powstańcze. W zachowanych częściowo dokumentach Okręgu Pomorskiego, czyli rozkazach komendanta okręgu mjr. Franciszka Trojanowskiego „Fali” i szefa sztabu mjr. Chylińskiego, nie używano terminu „Burza”.
Trudno stwierdzić, w jakim stopniu mjr Trojanowski był zorientowany w planach „Burzy”. Wydaje się, że wobec utrudnionej, a w ostatnim czasie przerwanej łączności z Warszawą, rozkazy dotyczące akcji „Burza” na Pomorze nie dotarły. Tak było również w przypadku Okręgu Poznańskiego. Zwrócił na to uwagę historyk dr Marian Woźniak z Poznania, stwierdzając, że
„Okręgi Poznań i Pomorze nie otrzymały do »Burzy« żadnych wytycznych. Był to więc plan na tym obszarze formalnie nieznany”.
Sam Trojanowski pisał o mającej nastąpić na Pomorzu „akcji powstańczej”, ale jednocześnie nazywał także „działaniami powstańczymi” walki prowadzone w ramach „Burzy” na Kresach Wschodnich i w Generalnym Gubernatorstwie. Jak wynika z meldunku nr 242 z 14 lipca 1944 r. skierowanego przez komendanta głównego AK gen. Tadeusza Komorowskiego „Bora” do Naczelnego Wodza gen. Kazimierza Sosnkowskiego:
„Okręgi leżące na zachód od Wisły rozkazów uzupełniających do Burzy jeszcze nie otrzymały. Zamierzam je wydać z chwilą stwierdzenia, jak będą się zachowywać Sowieci”.
Jest tu mowa o „rozkazach uzupełniających”, więc sprawa byłaby prosta, gdyby istniała łączność pomiędzy Warszawą a Pomorzem i Wielkopolską. Ponadto w tym samym meldunku gen. Komorowski wyjaśniał, że oddziały AK są gotowe do podjęcia działań: a) w formie walki powstańczej; b) „Burzy” i jednocześnie powstania; c) względnie oddzielnie: „Burzy” i powstania, „lecz na różnych terenach” w zależności od sytuacji. Stwierdzono więc wyraźnie, że chodzi tutaj o trzy formy walki: a) powstania powszechnego, b) „Burzy” i powstania, c) powstania i „Burzy” oddzielnie. Być może jest to klucz do rozwiązania sprawy rozkazów Trojanowskiego nakazujących rozpoczęcie walki powstańczej „w odpowiedniej chwili”, a nie w ramach planu „Burza”. Cel i zadania „Burzy” określono bowiem następująco:
„Podkreślenie naszej woli bicia Niemców i to nawet w wypadku niekorzystnego dla nas stosunku sił, czyli wśród okoliczności nie zezwalających na podjęcie powszechnego powstania oraz samoobrona przed wyniszczeniem nas przez wycofujących się Niemców […]. Działania będą polegały na zaciętym nękaniu cofających się straży tylnych (ew. nawet oddziałów tylnych straży tylnej) na silnej dywersji na całej głębokości terenu, w szczególności na komunikację”.
Nie jest wykluczone, że jakieś dane o planach „Burzy” mogły dotrzeć na Pomorze. Jest to jednak mało prawdopodobne, gdyż w zachowanych dokumentach nic nie ma na ten temat, pomijając brak łączności z Warszawą.