Esesmani najpierw wyprowadzili grupę osadzonych, którzy pod bronią zostali zmuszeni do wykopania dołów. Czy więźniowie wiedzieli, po co to robią i jaki spotka ich los? Zapewne tak. Co czuli pozostali, gdy ze swoich cel widzieli, co się dzieje na dziedzińcu?
Esesmani mordowali ludzi do późnych godzin wieczornych, każdorazowo ustawiali ich przodem do dołu i oddawali strzał, a ciało bezwładnie upadało na inne zwłoki. Ofiarami byli nie tylko więźniowie, ale też cywile mieszkający w pobliżu więzienia. Obraz tragedii ukazała dopiero ekshumacja przeprowadzona w kwietniu 1945 r. na terenie więzienia na Mokotowie, gdzie wydobyto z dołów ok. 700 ciał.
„Niemiecki Zakład Karny w Warszawie”
W czasie okupacji więzienia warszawskie, m.in. to na Mokotowie przy ul. Rakowieckiej 37, znalazły się w rękach niemieckich. W październiku 1939 r. utworzono Departament Karny, który w 1940 r. przekształcono w Zarząd Zakładów Karnych, podlegający Głównemu Wydziałowi Sprawiedliwości. Więzienie na Mokotowie podlegało niemieckiej policji kryminalnej. Do 1942 r. oficjalna nazwa więzienia brzmiała Gefängnis Warschau (Więzienie Warszawa), którą zamieniono na Deutsche Strafanstatt (Warschau) (Niemiecki Zakład Karny w Warszawie).
Po objęciu zarządu więzieniem na Mokotowie Niemcy najpierw przeprowadzili remont, gdyż w czasie walk we wrześniu 1939 r. na obiekt spadła bomba. Następnie pozyskali archiwa więzienne, na podstawie których ściągnęli więźniów zwolnionych w dniach od 1 do 8 września 1939 r. na mocy dekretu prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Ignacego Mościckiego.
Władzom niemieckim brakowało obsady więziennej, więc pod przymusem zatrudnili polski personel do służby. W więzieniu mokotowskim pracowało ok. 140 funkcjonariuszy na trzy zmiany. Mieli specjalne legitymacje, dzięki którym mogli poruszać się swobodnie po mieście o każdej porze dnia, także po godzinie policyjnej. Początkowo wobec funkcjonariuszy za spóźnienia albo niestawienie się w pracy wyciągano konsekwencje, z czego z czasem niemieckie władze więzienne zrezygnowały. Naczelnikiem więzienia ponownie został Władysław Ficke, schorowany fizycznie, będący przez to już od kwietnia 1939 r. na emeryturze. Jego obecne prerogatywy ograniczały się do spraw finansowych bądź podpisywania stanu liczbowego więźniów. Rzeczywistą władzę w więzieniu sprawowali mogący podejmować wiążące decyzje Niemcy: Langebartels (radca i dyrektor więzienia), jego zastępca, inspektor sądowy Kirchner i administrator więzienia Hieynagier.
Mokotowskie więzienie zachowało status sprzed 1939 r., bowiem wciąż przyjmowało więźniów karnych. Przebywali tu jednak także osadzeni polityczni, przeważnie przetrzymywani przy Rakowieckiej 37 od jednego do kilku dni. Często byli poddawani brutalnym przesłuchaniom prowadzonym przez gestapo z siedzibą w al. Szucha albo transportowano ich do innych więzień, zawiadywanych przez administrację niemiecką czy do niemieckich nazistowskich obozów koncentracyjnych lub do miejsc kaźni. W więzieniu mokotowskim Niemcy przetrzymywali prezydenta Warszawy Stefana Starzyńskiego, a także wybitnego byłego sportowca i konspiratora Janusza Kusocińskiego, którego przewieziono do Palmir, gdzie został rozstrzelany przez wojska niemieckie, w jednej z wielu zbiorowych egzekucji, w ramach niemieckiej akcji mordowania inteligencji polskiej. W więzieniu przetrzymywano także polskich żołnierzy przeniesionych z oflagu VII A w Murnau. Wyjątkowo, w styczniu 1940 r., na terenie więzienia przebywały osadzone kobiety w liczbie 75. Opiekę nad nimi sprawował specjalnie do tego zatrudniony nieliczny personel kobiecy.
Na co dzień więźniowie wykonywali pracę na przykład w papierni na terenie więzienia lub poza jego terenem na rzecz fabryk. Poza Warszawę więźniów transportowano pociągiem, a na terenie stolicy konwojowani byli samochodami więziennymi. Gdy któryś z więźniów zapadał na zdrowiu, najpierw otrzymywał pomoc w oddziale szpitalnym przy więzieniu, w poważniejszych przypadkach przebiegu choroby kierowano osadzonego do szpitala, w zależności od panujących zasad segregacji rasowych, wprowadzonych przez okupanta niemieckiego.
Polski personel więzienny w Mokotowie utworzył siatkę konspiracyjną w ramach wywiadu więziennego Związku Walki Zbrojnej – Armii Krajowej; współpracował też z Towarzystwem Opieki na Więźniami „Patronaty”. Funkcjonariusze donosili więźniom jedzenie, grypsy, także organizowali z powodzeniem ucieczki osadzonych z więzienia albo rozprowadzali bibułę. Członkowie sieci konspiratorskich byli przenoszeni do innych placówek więziennych, aby ich działalność nie została wykryta przez władze niemieckie. Mimo ostrożności, w 1942 i 1943 r. doszło do dekonspiracji działań niektórych polskich funkcjonariuszy więziennych, w wyniku czego zostali oni rozstrzelani albo osadzeni w którymś z wielu niemieckich nazistowskich obozów koncentracyjnych.
Wobec Powstania Warszawskiego
Z powodu obaw Niemców o przebieg walk na froncie wojennym, 23 lipca 1944 r. niemieckie władze więzienne przy Rakowieckiej 37 zwolniły ponad 600 więźniów, przeważnie obywateli niemieckich i tzw. folksdojczy, czyli wpisanych na listę osób pochodzenia niemieckiego. Wśród zwolnionych byli nieliczni Polacy. Doszło do przerwania czynności zwalniania więźniów, bowiem wyszedł na jaw proceder pobierania łapówek przez służbę więzienia od rodzin osadzonych. Na 29 lipca niemieckie władze wyższego szczebla zaplanowały potajemną akcję ewakuacji więźniów, lecz ją odwołały. Pojawił się kolejny pomysł, także niezrealizowany, który polegał na wykorzystaniu więźniów jako siły roboczej do kopania okopów poza stolicą. 31 lipca do służby nie przybyło wielu polskich funkcjonariuszy, kolejnego dnia, 1 sierpnia 1944 r., w porze porannej nie pojawił się polski naczelnik więzienia Ficke, który został zastąpiony przez Kirchnera. Według relacji tego ostatniego jeszcze w tym samym dniu przed południem 11 osadzonych opuściło więzienie, a po godzinie piętnastej otrzymał powiadomione o walkach, co nie wzbudziło niepokoju, wszak nastroje niemieckiej załogi więzienia zmieniły się dwie godziny później.
O godzinie siedemnastej oddziały Armii Krajowej wyszły do walki w poszczególnych dzielnicach stolicy. Na Mokotowie walczył V Obwód Mokotów, którym dowodził ppłk kaw. WP Aleksander Hrynkiewicz, „Przegonia”, „Marek”. Obszar, w którym znajdowało się więzienie, był gęsto obsadzony przez wojska niemieckie. W pobliżu więzienia, przy ul. Rakowieckiej 4, w budynku Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, mieściło się SS-Stauferkaserne, dowodzone przez porucznika SS Martina Patza, który też sprawował dowództwo nad 3. zapasowym batalionem uzupełnień grenadierów pancernych SS. Do tego w koszarach Stauferkaserne były bardzo dobrze uzbrojone dwa bataliony SS, a na pobliskim Polu Mokotowskim znajdowały się armaty przeciwlotnicze. Co więcej, teren był wzmocniony czołgami z 5. Dywizji Pancernej SS „Viking”.
W dniu wybuchu powstania 1. kompania szturmowa 4. rejonu Obwodu Mokotów Armii Krajowej, której dowódcą był ppor. Antoni Figura „Kot”, otrzymała zadanie związania ostrzałem SS-Stauferkaserne, zdobycie kamienicy zlokalizowanej na rogu al. Niepodległości i ul. Rakowieckiej. Ponadto miała opanować więzienie przy Rakowieckiej 37 i narożną kamienicę na tej samej ulicy pod numerem 35. W tym celu 1. kompania została podzielona na dwie grupy szturmowe.
Pierwsza grupa szturmowa pod rozkazami Kazimierza Grzybowskiego „Misiewicza”, próbowała zdobyć więzienie, jak i narożną kamienicę przy al. Niepodległości – Rakowiecka. Tymczasem druga grupa dowodzona przez „Kota” atakowała budynek Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. Przyszło im wykonywać rozkazy pod gęstym ostrzałem żołnierzy z batalionu Waffen-SS, ulokowanego naprzeciw więzienia. Gdy Kirchner zorientował się, co się dzieje, próbował nawiązać kontakt z komendantem Stauferkaserne, Martinem Patzem. W tym celu posłał jednego z niemieckich funkcjonariuszy. Tymczasem na terenie więzienia rozbrojono polskich funkcjonariuszy, których obowiązki przejęli reichs- i volksdojcze. Wysłannik do Stauferkaserne powrócił do więzienia z 12–15 żołnierzami Waffen-SS. Wśród nich była obsługa do dwóch karabinów maszynowych.
Według pisemnej relacji Kirchnera, inspektora i zastępcy dyrektora więzienia, do dyrektora głównego Wydziału Sprawiedliwości Generalnego Gubernatorstwa w Krakowie, z dnia 6 sierpnia 1944, spisanej we Wrocławiu, na teren więzienia przy Rakowieckiej 37 miało wbiec od 100 do 120 powstańców. W ferworze walki zajęli oni dom mieszkalny służby więziennej i papiernię wewnątrz więzienia. Dom mieszkalny, przejęty przez powstańców, był następnie ostrzeliwany przez niemieckie czołgi. Trwała zacięta wymiana ognia między obu stronami. Około godziny dwudziestej trzeciej wszystkie 3 linie telefoniczne w więzieniu miały przestać działać, gdyż powstańcy zdołali wyłączyć centralę. Funkcjonowały jednak telefony wewnętrzne. Około drugiej w nocy w dziale przyjęć więźniów zadzwonił telefon wewnętrzny. Kirchner miał podnieć słuchawkę i usłyszeć głos mężczyzny, który przedstawił się jako polski żołnierz Armii Krajowej. Walki ucichły 2 sierpnia w godzinach wczesnoporannych. Mimo ogromnego wysiłku, powstańcy nie zdołali zdobyć więzienia i wycofali się z jego terenu ok. godz. 4.30 nad ranem.