W przedwojennej strukturze organizacyjnej Wojska Polskiego dowództwa okręgu korpusu pełniły jedynie funkcje administracyjne. W ramach przygotowań do wojny przypadło im w udziale formowanie batalionów marszowych z uzupełnieniami dla walczących jednostek.
Po ataku Niemiec na Polskę 1 września 1939 r. Dowództwo Okręgu Korpusu nr IX znalazło się na głębokich tyłach obrony. Zgodnie z pierwotnym przeznaczeniem zajęło się przeprowadzeniem mobilizacji powszechnej. Na terenie administrowanym przez gen. Franciszka Kleeberga znajdowały się macierzyste garnizony trzech dywizji piechoty, Flotylli Rzecznej i kilku mniejszych jednostek innych rodzajów broni, a także ich Ośrodki Zapasowe.
Wojska obrony Polesia
9 września pękła polska obrona nad Narwią. W tej sytuacji Naczelny Wódz nakazał przekształcenie DOK IX w dowództwo operacyjne, które miało w trybie natychmiastowym przygotować obronę Polesia od północy.
Improwizowane Zgrupowanie „Brześć” broniło od 14 do 16 września Twierdzy Brzeskiej, po czym wycofało się przez Terespol na wschód. Podobnie improwizowane Zgrupowanie „Kobryń” broniło przedpola tej miejscowości do 18 września.
Po agresji sowieckiej do Kleeberga dotarł rozkaz Naczelnego Wodza mówiący o przekroczeniu granic neutralnych sąsiadów: Rumunii i Węgier. W tej sytuacji generał zdecydował się ściągnąć wszystkie swoje siły w rejon Kowla i stamtąd przebijać się do Rumunii.
Kiedy 22 września otrzymał informację, że Naczelny Wódz opuścił terytorium Polski i został internowany, postanowił pomaszerować na pomoc obrońcom Warszawy. Po drodze, 26 września, podporządkował sobie zgrupowanie płk. Ottokara Brzozy-Brzeziny. Dzień później kolumny wojska przekroczyły Bug pod Włodawą entuzjastycznie witane przez miejscową ludność przekonaną, że to początek polskiej kontrofensywy. 28 września Kleebergowi podporządkowała się Dywizja Kawalerii „Zaza”.