Największym i najgłośniejszym procesem pokazowym w Krakowie była rozprawa przeciwko Franciszkowi Niepokólczyckiemu, Stanisławowi Mierzwie i ich współpracownikom – tzw. proces krakowski (11 VIII - 10 IX 1947)
   Proces krakowski służyć miał skompromitowaniu podziemia niepodległościowego i wykazaniu jego związków z PSL. W 1947 r. komuniści przeprowadzali szeroko zakrojoną akcję zmierzającą do ostatecznego przejęcia pełni władzy w kraju. Po sfałszowanym referendum z czerwca 1946 r. i wyborach z lutego 1947 r. w największym stopniu represjonowali dwa największe ugrupowania opozycyjne – działający jawnie PSL i pozostającą w konspirację organiazację poakowską – Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”. Proces krakowski był jednym z kluczowych przedsięwzięć, które miały skompromitować w oczach społeczeństwa oba ugrupowania. W przyszłości miał być pretekstem do nasilenia ataków na ludowców i ich prezesa Stanisława Mikołajczyka. Na ławie oskarżonych zasiedli działacze Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość”, wśród nich prezes II Zarządu Głównego płk. Franciszek Niepokólczycki oraz członkowie PSL, ze Stanisławem Mierzwą, wiceprezesem Zarządu Wojewódzkiego w Krakowie – sądzonym wcześniej w procesie szesnastu przywódców polskiego państwa podziemnego w Moskwie.
   Działaczy WiN oskarżano głównie o prowadzenie działalności wywiadowczej na rzecz obcych mocarstw oraz terroryzowanie członków PPR. Natomiast PSL-owcom zarzucano świadomą współpracę z nielegalnym podziemiem. Szczegółowo zaplanowany przebieg rozprawy, a następnie wyrok, był w zasadzie potwierdzeniem zarzutów zamieszczonych w akcie oskarżenia. Prasa prześcigała się w napastliwych tytułach podkreślających łączność PSL z podziemiem, „watażką” Andersem i obcymi agenturami, czy demaskując WiN i PSL przy wspólnej robocie. Reporterzy świadomie przeinaczając wyjaśnienia składane w czasie procesu starali się dowieść, iż PODZIEMIE JEST WROGIEM NIE TYLKO RZĄDU, LECZ I CAŁEGO NARODU. Dlatego musi być unieszkodliwione.
   Po przeszło miesiącu, w czasie którego sąd zebrał się dziewiętnaście razy, 10 września 1947 r. ogłoszono wyrok. Sąd, w składzie: przewodniczący – Romuald Klimowiecki oraz ławnicy: Józef Małachowski i Jan Zabłocki, skazał osiem osób na karę śmierci, osiem na długoletnie więzienie, a jedną osobę uniewinnił.