Urodziła się 14 grudnia 1907 r. w Białymstoku, była córką Zenona i Heleny. W okresie okupacji niemieckiej zaangażowała się w działalność konspiracyjną jako telegrafistka oraz łączniczka Obszaru AK Białystok. Została zatrzymana przez żandarmerię niemiecką w lipcu 1942 r. we własnym mieszkaniu przy ul. Augustowskiej, które było jednym z lokali konspiracyjnych. Trafiła do więzienia w Białymstoku. Rozstrzelano ją 5 listopada 1942 r., wraz z 24 Polakami, w odwecie za ucieczkę z aresztu Gestapo oficerów sztabu Obszaru AK Białystok i zabicie niemieckiego strażnika pocztowego.
Szczątki Zofii Ginter zostały odnalezione w maju 2014 r. w trakcie prac ekshumacyjnych prowadzonych przez IPN na terenie Aresztu w Białymstoku.