Był synem rolnika Pawła i Wiktorii Szajek. Miał dziewięcioro rodzeństwa. Uczęszczał do szkoły powszechnej w Gołębinie Starym. W związku z rozpoczęciem nauki w Państwowym Gimnazjum im. św. Jana Kantego w Poznaniu zamieszkał w Poznaniu o swojej cioci. Przystąpił do harcerstwa. Został drużynowym 21 Poznańskiej Drużyny Harcerzy im. Tadeusza Reytana. W 1934 r. zdał maturę i zaczął studia prawnicze na Uniwersytecie Poznańskim. Wybrano go na wiceprezesa Akademickiego Koła Harcerskiego, a także na kierownika Wydziału Młodzieży w Komendzie Chorągwi Wielkopolskiej ZHP. Pełnił funkcję instruktora w ośrodku harcerskim w Górkach Wielkich. W 1938 r. został jedną z najmłodszych osób ze stopniem harcmistrza. W tym samym roku uzyskał magisterium z prawa. Podjął pracę w Banku Związku Spółek Zarobkowych S.A. w Poznaniu. Latem 1939 r. wziął udział w wycieczce instruktorów ZHP do Londynu, Lourdes i Paryża, gdzie złożył wieniec na Grobie Nieznanego Żołnierza pod Łukiem Triumfalnym.
W pierwszych dniach II wojny światowej udzielał się we wzorowo przygotowanym Pogotowiu Harcerzy w Poznaniu. Do zadań harcerzy należało m.in. zabezpieczanie budynków państwowych, działania przeciwpożarowe i sanitarno-ratownicze, pomoc łącznikowa i łącznościowa dla wojska, kolei i poczty. Następnie przedostał się do Warszawy z wycofującymi się grupami harcerzy. Był jednym z organizatorów warszawskiego Pogotowia Harcerzy. Został jego komendantem, a Aleksander Kamiński zastępcą. Dywersyjne grupy harcerzy zaczęły prowadzić działania na tyłach wojsk niemieckich. 27 września 1939 r. w Warszawie podjęto decyzję o podziemnej działalności ZHP. Organizacji nadano kryptonim Szare Szeregi, a jej naczelnikiem został Florian Marciniak. W konspiracji używał pseudonimów: J. Krzemień, Jerzy Nowak, Szary, Kujawski. Był współautorem deklaracji ideowej „Szare Szeregi. Manifest młodego pokolenia”. Głównymi założeniami były wychowanie przez walkę i zachowanie ciągłości istnienia państwa. Program opierał się na założeniu Dziś-Jutro-Pojutrze. Dziś oznaczało walkę zbrojną, konspirację, sabotaż i dywersję, Jutro – przygotowania do otwartej walki zbrojnej w powstaniu, zaś Pojutrze – odbudowę kraju po wojnie. Początkowo organizacja Szarych Szeregów odzwierciedlała strukturę Związku Harcerstwa Polskiego w okresie międzywojennym. Poszczególnym szczeblom organizacyjnym nadano kryptonimy: pasieka (Główna Kwatera), ule (chorągwie), roje (hufce), rodziny (drużyny) i pszczoły (zastępy). W 1942 r. dokonano podziału Szarych Szeregów na: Zawiszaków (12-14 lat), Bojowe Szkoły (15-17 lat) i Grupy Szturmowe (od 18 lat). Grupy Szturmowe Szarych Szeregów zostały włączone pod zwierzchnictwo Kedywu.
We wrześniu 1942 r. Florian Marciniak poślubił Zofię Broniewską. Brał udział w akcjach bojowych. Poparł plan Tadeusza Zawadzkiego „Zośki” w sprawie odbicia harcmistrza Jana Bytnara „Rudego”. 26 marca 1943 r. w akcji pod Arsenałem Jan Bytnar został odbity z rąk gestapo, a wraz z nim grupa więźniów politycznych przewożonych z siedziby gestapo na Pawiak. Celem podziemia stali się oprawcy „Rudego”. 6 maja 1943 r. zlikwidowano SS-Oberscharführera Herberta Schultza. Tego samego dnia w lokalu gastronomicznym na Nowym Świecie gestapo aresztowało Floriana Marciniaka. Naczelnikiem Szarych Szeregów został Stanisław Broniewski, brat żony Floriana. Zaraz po jego zatrzymaniu harcerze planowali akcję uwolnienia swojego dowódcy, w trakcie transportu z Pawiaka na Aleję Szucha. Jednak akcja nie doszła do skutku. Konwój przejechał inną trasą niż zakładano.
Niemcy zdecydowali o przewiezieniu Floriana Marciniaka do Poznania. Podczas transportu podjął nieudaną próbę ucieczki pod Sochaczewem. W Poznaniu został osadzony w Forcie VII w celi nr 66, w której przebywali więźniowie szczególnie niebezpieczni dla III Rzeszy. Współosadzony Ludwik Rzepecki wspominał, że Marciniak cieszył się uznaniem współtowarzyszy. Był spokojny i pocieszał innych więźniów. Szczególną opieką otoczył kilku młodych harcerzy, którzy również zostali tam uwięzieni. W czasie torturowania na przesłuchaniach zarówno w Warszawie, jak i Poznaniu nie wydał nikogo i nie przyznał się do niczego istotnego. Także w Poznaniu planowano odbicie Marciniaka. Harcerze, po przebraniu w niemieckie mundury, zamierzali przejąć go w drodze z przesłuchania w siedzibie gestapo do Fortu VII. Jednak i ta akcja nie mogła zostać wykonana. 18 lutego 1944 r. trafił do obozu karno-śledczego w Żabikowie. Następnie wywieziono go do obozu koncentracyjnego Gross-Rosen i tam został zamordowany najprawdopodobniej 20 lutego 1944 r. Ciała nie odnaleziono. Żona Zofia Marciniak została uwięziona w obozie koncentracyjnym Bergen-Belsen. Zmarła dzień po wyzwoleniu obozu.
Prezydent Lech Kaczyński 11 listopada 2006 r. pośmiertnie odznaczył go Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. W 2010 r. w krypcie zasłużonych Wielkopolan w kościele św. Wojciecha w Poznaniu złożono urnę z ziemią z Gross-Rosen. Pierwszy naczelnik Szarych Szeregów pragnął, aby harcerstwo odegrało inspirującą rolę dla młodzieży. Najważniejszym jego celem było odzyskanie wolności poprzez twardą i nieustępliwą walkę z okupantem.
Paulina Borucka, Oddziałowe Archiwum IPN w Poznaniu