Powołanie zespołu jest efektem spotkania, do jakiego doszło z inicjatywy IPN w dniu 14 listopada 2003 r. w Delegaturze IPN w Bydgoszczy. Spotkaniu przewodniczył dr hab. Paweł Machcewicz – dyrektor BEP IPN, uczestniczyli w nim m.in.: prof. dr hab. Witold Klesza – dyrektor KŚZpNP IPN, prof. dr hab. Adam Marcinkowski – rektor Akademii Bydgoskiej, dr hab. Anna Wolff-Powęska – dyrektor Instytutu Zachodniego w Poznaniu, prof. dr hab. Waldemar Rezmer – dziekan Wydziału Nauk Historycznych UMK w Toruniu oraz dr Janusz Kutta – dyrektor Archiwum Państwowego w Bydgoszczy.
Pierwszym zadaniem powołanego zespołu badawczego będzie dotarcie do wszystkich źródeł, które dotyczą wydarzeń z 3 i 4 września 1939 r. Istnieje bardzo dużo różnorodnych materiałów, które są rozproszone po wielu archiwach i nie były dotąd nigdy w pełni wykorzystane i konfrontowane ze sobą. Po przeprowadzeniu kwerendy w Polsce i zagranicą, następnym krokiem będzie opublikowanie najważniejszej części, bądź całości tych źródeł. Na podstawie dokumentów historycy spróbują odtworzyć najbardziej prawdopodobny przebieg wydarzeń z 3 i 4 września, oszacować liczbę zabitych po polskiej i po niemieckiej stronie, a także będę próbować stworzyć imienną listę ofiar.
Badania mogą potrwać nawet kilka lat. Kwerenda zostanie przeprowadzona w zasobach archiwów na terenie Polski, m.in.: w archiwum IPN, Archiwum Państwowym w Bydgoszczy, Centralnym Archiwum Wojskowym w Warszawie, archiwum Instytutu Zachodniego w Poznaniu oraz zagranicą: w archiwach na terenie Moskwy, archiwach niemieckich, a także w zasobie Instytutu Polskiego i Muzeum gen. Władysława Sikorskiego w Londynie.
Uczestnicy spotkania funkcję przewodniczącego zespołu powierzyli dr. hab. Pawłowi Machcewiczowi, sekretarzem zespołu został dr Tomasz Chinciński z bydgoskiej delegatury IPN. Ostateczny skład zespołu zostanie przedstawiony na kolejnym spotkaniu, które odbędzie się w styczniu 2004 r. Uzgodniono, że szefowie instytucji, które brały udział w spotkaniu, desygnują swoich pracowników do prowadzenia prac badawczych.