Autor monografii: Zbrodnia pomorska 1939. Początek ludobójstwa niemieckiego w okupowanej Polsce, Bydgoszcz–Warszawa 2024; Paterek 1939. Zbrodnia i pamięć / Memory and crime, Bydgoszcz–Gdańsk–Warszawa 2018; Im Namen des Führers… Selbstschutz Westpreussen i zbrodnia w Łopatkach w 1939 r., Bydgoszcz–Gdańsk 2014; „Szmalcówka”. Historia niemieckiego obozu w Toruniu (1940–1943) na tle ideologii nazistowskiej, Bydgoszcz–Gdańsk 2011 (wersja angielska: The History of a Forgotten German Camp. Nazi Ideology and Genocide at Szmalcowka, London – New York 2015); Świat idei Jacka Kuronia, Warszawa 2010 (Nagroda Klio); Thatcheryzm jako doktryna społeczno-polityczna, Toruń 2008. Redaktor tomów: Zbrodnia pomorska 1939. Dokumentacja niemieckiego terroru, t. 1, Bydgoszcz–Warszawa 2025 (wraz z I. Mazanowską i M. Tomkiewicz). W cieniu Einsatzgruppen. Volksdeutscher Selbstschutz w okupowanej Polsce 1939‒1940, Warszawa 2021 (wraz z I. Mazanowską i M. Przegiętką), wersja niemiecka: Im Schatten der Einsatzgruppen. Volksdeutscher Selbstschutz im besetzten Polen 1939‒1940, aus dem Polnischen von W. Niemirowski, Warschau 2025); Ofiary zbrodni pomorskiej 1939. Materiały XXIX sesji naukowej w Toruniu z 22 listopada 2019 roku, Toruń 2020; Zapomniani kaci Hitlera. Volksdeutscher Selbstschutz w okupowanej Polsce 1939–1940. Wybrane zagadnienia, Bydgoszcz–Gdańsk 2016 (wraz z I. Mazanowską).