W dniu 27 maja 2003 r. prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Białymstoku skierował do Sądu Rejonowego w Suwałkach akt oskarżenia przeciwko Aleksandrowi O. oskarżonemu o to, że w latach 1946 – 1947, działając jako urzędnik państwowy, kierownik Sekcji PUBP w Suwałkach, przekroczył swoją władze i nie dopełnił obowiązku wobec 22 zatrzymanych żołnierzy WiN, w ten sposób, iż stosował i tolerował stosowanie przez podwładnych mu funkcjonariuszy przemocy polegającej na zadawaniu zatrzymanym w trakcie przesłuchań uderzeń pięściami i różnymi przedmiotami po całym ciele, tj. o przestępstwo z art. 286 § 1 kk z 1932 r. i inne.
Wyrokiem z dnia 22 września 2004 roku, Sąd Rejonowy w Suwałkach, skazał Aleksandra O. na karę łączną 4 lat i 6 miesięcy pozbawienia wolności.
Obrońca oskarżonego wniósł apelację od wyroku w dn. 22.09.2004 zwracając się o uchylenie zaskarżonego wyroku –i umorzenie postępowania , ewentualne uchylenie zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania sądowi I instancji.
Apelacje wniósł także prokurator.
Sąd Okręgowy w Suwałkach, w dn. 11.02.2005r. zmienił zaskarżony wyrok, w ten sposób, iż poprawił kwalifikację prawną czynów co do których Sąd Rejonowy uznał winę oskarżonego, przyjmując iż:
- oskarżony popełnił zbrodnię komunistyczną – art. 2 ust. 1 ustawy o IPN
- oskarżony działał „podczas i w związku z urzędowaniem" – art. 291 kk z 1932 r.
-w kumulatywnej kwalifikacji prawnej czynu uznał zasadność zbiegu z przestępstwem ściganym z oskarżenia publicznego przestępstwa ściganego z oskarżenia prywatnego – art. 239 § 1 kk z 1932 r.
Sąd przyjął, iż oskarżony popełnił przestępstwa przewidziane z art. 286 § 1 kk z 1932 r. w zb. z art. 251 kk z 1932 r. w zb. z art. 239 § 1 kk z 1932 w zw. z art. 36 kk z 1932 r. w zw. z art. 2 ust. 1 i art. 3 ustawy z dnia 18.12.1989 r. o IPN – KŚZpNP i w związku z art. 4 § 1 kk z 1997 r.
Sąd podkreślił między innymi zasadność uwzględnienia w kwalifikacji prawnej czynu art. 3 ustawy z dn. 18.12.1998 r. o IPN – KŚZpNP - zbrodni przeciwko ludzkości.
Sąd uchylił wyrok uniewinniający co do przestępstwa popełnionego na szkodę Stanisława S., przekazując w tym zakresie sprawę SR do ponownego rozpatrzenia.
Wymiar kary pozostał bez zmian.
Kasację od powyższego wyroku złożył obrońca oskarżonego, w której kwestionował on fakt skazania Aleksandra O. za popełnienie zbrodni przeciwko ludzkości. Sąd Najwyższy wyrokiem z dnia 3 kwietnia 2006 r. oddalił ją jako oczywiście bezzasadną.
W dn. 22.08.2005 r. w sprawie Aleksandra O. skierowano drugi akt oskarżenia (nr 97)
Postanowieniem z dnia 29 sierpnia 2005 r. Sąd Rejonowy w Suwałkach postanowił połączyć obie sprawy do wspólnego rozpoznania. (W Sądzie Rejonowym nadal toczyła się sprawa Aleksandra O., w kontekście uniewinnienia go przez SR od zarzutu popełnienia przestępstwa na szkodę Stanisława S., w którym to zakresie Sąd Apelacyjny zwrócił sprawę Sądowi Rejonowemu do ponownego rozpoznania.)
Postanowieniem z dnia 20 kwietnia 2006 roku Sądu Rejonowego w Suwałkach umorzył postępowanie przeciwko Aleksandrowi O. z uwagi na śmierć oskarżonego, tj. art.17§ 1 pkt.5.