W związku z komunikatami Ministerstwa Obrony Narodowej i Wojskowego Biura Historycznego z dnia 22 czerwca 2018 r., dotyczącymi ujawnienia przypadków bezprawnego niszczenia akt w archiwach wojskowych w latach 1990–2009, mogących stanowić przestępstwo określone w art. 54 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu polegające na uchylaniu się od przekazania i niszczeniu dokumentów podlegających przekazaniu do Instytutu Pamięci Narodowej na podstawie art. 25 w zw. z art. 5 ustawy o IPN–KŚZpNP, Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej wyraża głębokie zaniepokojenie utratą przez państwo polskie bezcennych z punktu widzenia badań naukowych i archiwalnych materiałów dotyczących działalności organów bezpieczeństwa PRL.
Jednocześnie Kolegium IPN oczekuje, że postępowanie karne, jakie zostanie przeprowadzone w sprawie przez prokuratorów pionu śledczego IPN, będzie miało charakter priorytetowy i doprowadzi do wszechstronnego wyjaśnienia wszelkich okoliczności sprawy, a osoby winne zostaną pociągnięte do odpowiedzialności.
Kolegium oczekuje osobistego nadzoru nad śledztwem ze strony Prokuratora Generalnego – Ministra Sprawiedliwości.