Mieli łzy w oczach, podzielili się z nim opłatkiem i przyjęli obrazki. Ksiądz Jerzy potraktował żołnierzy nie jako wrogów, lecz jak braci w potrzebie. Jego odpowiedź na stan wojenny była prawdziwie chrześcijańska: był z prześladowanymi, pomagał potrzebującym, modlił się „za Ojczyznę i tych, którzy dla niej cierpią”.
W 1984 r. w rozmowie z korespondentami zachodnich mediów ks. Jerzy zdradził, że 13 grudnia 1981 r. dwukrotnie poszukiwano go w parafii św. Stanisława Kostki, a jego nazwisko znalazło się na liście osób „do internowania”. Nie było go wtedy w mieszkaniu – jak relacjonował ówczesny wikariusz, ks. Marcin Wójtowicz – „Popiełuszko obawiał się nieproszonych gości i nad ranem udał się do przyjaciół z »Solidarności«, aby ich ostrzec”.
Fakt, że ks. Jerzy był już wtedy poszukiwany przez bezpiekę, zaledwie kilka godzin po wprowadzeniu dniu stanu wojennego, świadczy o tym, że władze gromadziły informacje o jego zaangażowaniu wśród robotników, a także w czasie strajków studenckich w lutym i w listopadzie 1981 r.
W ostatnich tygodniach przed wprowadzeniem stanu wojennego ks. Popiełuszko coraz aktywniej uczestniczył w działaniach NSZZ „Solidarność” i opozycji antykomunistycznej. Strajkujących studentów Wyższej Oficerskiej Szkoły Pożarniczej w Warszawie, którzy protestowali przeciwko polityce władz, namawiał do wytrwania w oporze. Gdy odprawiał dla nich Mszę św. w otoczonej przez ZOMO szkole, mówił:
„Być patriotą w takim środowisku, w jakim wy tu jesteście, to znaczy podporządkować swoje »ja« sprawie, którą, sobie tutaj za cel obraliście. Kto chce zdobyć szczyt, niechaj przed samym końcem nie ogląda się wstecz, bo może wpaść w przepaść”.
Tydzień przed stanem wojennym, 6 grudnia, na Politechnice Warszawskiej, wygłosił pozornie nieszkodliwe i niepolityczne kazanie skierowane obradujących w atmosferze niepewności delegatów Regionu Mazowsze. Mówił o potrzebie sprawiedliwości, o nawróceniu i odpowiedzialności za przyszłość kraju, która spoczywa na „Solidarności”. Stenogram z tego ostatniego zebrania Regionu Mazowsze trafił do archiwum Służby Bezpieczeństwa, jednak kazanie ks. Jerzego później zostało z niego usunięte. Prawdopodobnie szczególnie zainteresowało funkcjonariuszy bezpieki, być może później zostało wykorzystane przeciwko księdzu, a zniszczono je w 1989 r., tak jak inne dokumenty dotyczące jego inwigilacji.
Pomoc dla prześladowanych
Po 13 grudnia 1981 r. ks. Popiełuszko rozwinął działalność dobroczynną na rzecz osób internowanych, działaczy „Solidarności”, ich rodzin, a także wszystkich osób potrzebujących, które zgłaszały się do kościoła św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Przyjmował je w swoim mieszkaniu, przekazywał dary z zagranicy oraz pomoc finansową. Jeszcze przed wprowadzeniem stanu wojennego był zaangażowany w akcję sprowadzania do Polski leków i darów z Zachodu w ramach tzw. banku leków „Solidarności”. Ta działalność była możliwa dzięki jego pracy w warszawskim środowisku medycznym, w duszpasterstwie medyków i pielęgniarek, które prowadził od 1979 r.
Ks. Jerzy sam dowiadywał się o osobach cierpiących i chorych, którym potrzebne były konkretne leki. Do pomocy werbował swoich znajomych, przyjaciół, a także działaczy „Solidarności”. Jak mówiła pielęgniarka Ewa Murawska, „zawsze mogliśmy być pewni jego wsparcia. Można było przyjść zawsze, gdy ktoś miał jakiś problem i potrzebę. Jeśli nie mógł sam temu zaradzić i nie był w stanie znaleźć nikogo, kto by mógł pomóc to zawsze mogliśmy być pewni jego modlitwy”.
Można uznać, że dzięki ks. Jerzemu, z pomocą ks. Teofila Boguckiego, proboszcza parafii św. Stanisława Kostki, w żoliborskim kościele w czasie stanu wojennego działał nieformalny ośrodek przyjmowania i rozdzielania darów z zagranicy. Ks. Jerzy współpracował z Hanną Grabińską, tłumaczką i działaczką opozycyjną, a za jej pośrednictwem nawiązał kontakt z założoną w Londynie organizacją Medical Aid For Poland Fund. W czasie kryzysu gospodarczego, gdy nałożone na PRL za wprowadzenie stanu wojennego sankcje uderzały w polskie społeczeństwo, do żoliborskiej parafii – na ręce ks. Popiełuszki – trafiała pomoc wysyłana do Polaków z Wielkiej Brytanii.