W dniach 7–8 maja 2009 r. w auli im. ks. J. Tischnera w Collegium Witkowskiego w Krakowie odbywała się Ogólnopolska Konferencja Naukowa „1989 – od PRL do III RP”. Konferencję zorganizowała Sekcja Historii Najnowszej Polski KNHS UJ. Na zaproszenie studentów w konferencji wziął udział prof. Janusz Kurtyka – prezes Instytutu Pamięci Narodowej. Podczas inauguracji mówił m.in. o wyjątkowej problematyczności badania procesu transformacji w Polsce ze względu na niekompletną wiedzę faktograficzną oraz ogromny ładunek emocjonalny, jaki zjawisku towarzyszy. W konferencji uczestniczył również dr Marek Lasota – dyrektor Oddziału IPN w Krakowie, który mówił o roli Kościoła katolickiego w życiu społeczeństwa polskiego doby przemian, oraz dr hab. Antoni Dudek, charakteryzujący obóz władzy w roku 1989.