Umowa reguluje bezpośrednią współpracę pomiędzy Prezesem IPN-KŚZpNP oraz Ministerem Obrony Narodowej, reprezentowanych przez przedstawicieli Biura Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów IPN oraz Wojskowych Służb Informacyjnych, przede wszystkim zaś zasady umieszczania i periodycznej kontroli zawartości przechowywanego w Archiwum IPN wyodrębnionego i tajnego zbioru, zastrzeżonego przez Ministra Obrony Narodowej na podstawie art. 39 ust. 1 i 2 ustawy z dania 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
Porozumienie reguluje również zasady udostępniania upoważnionym funkcjonariuszom WSI danych zawartych w dokumentach znajdujących się zasobie wyodrębnionym IPN.