Ukończyła polonistykę w Wileńskim Instytucie Pedagogicznym. W 1964 r. rozpoczęła pracę jako dziennikarka w polskiej prasie w Wilnie. Była także redaktorką polskojęzycznych audycji radiowych oraz reżyserką słuchowisk w litewskiej rozgłośni „Vilniaus Varpas”. Brała czynny udział w życiu polskiej mniejszości narodowej.
Autorka kilku książek, około 2 tysięcy artykułów prasowych i recenzji oraz licznych przekładów z języka litewskiego i rosyjskiego na polski. Zasłynęła serią reportaży drukowanych w polskiej prasie na Litwie, m.in. cyklem ukazującym dzieje rodzin kresowych – Radziwiłłów, Tyszkiewiczów, Billewiczów, Piłsudskich, Dowgiałłów i Gasztowtów. Pisała o postaciach takich jak Adam Mickiewicz, Józef Mackiewicz czy Sergiusz Piasecki. Wiele uwagi poświęcała twórcom i miejscom ważnym dla polskiej kultury. W wydanej w 2016 r. książce „Szlakiem bohaterów »Potopu« Henryka Sienkiewicza” starała się sportretować szlachtę laudańską i ukazać silne związki pisarza z dziedzictwem Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Była także scenarzystką sztuk wystawianych na deskach Teatru Polskiego w Wilnie, Polskiego Studia Teatralnego w Wilnie czy Teatru Polskiego w Moskwie.
Alwida Bajor wzięła udział w badaniach nad biografią Bronisława Piłsudskiego i współpracowała z telewizją japońską nad realizacją filmu dokumentalnego poświęconego tej postaci. W swojej pracy niestrudzenie podążała tropami historii i szukała jej zapomnianych świadków. W ostatnich latach publikacje Alwidy Bajor są drukowane także w Polsce.
Laureatka Nagrody Literackiej Czesława Miłosza (1992) i Nagrody Literackiej im. Witolda Hulewicza (2007). Dwukrotnie odznaczona Orderem Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej – Krzyżem Kawalerskim (2018) i Krzyżem Oficerskim (2022). Laureatka IV edycji nagrody „Semper Fidelis” przyznawanej przez Instytut Pamięci Narodowej (2022).