Centralne Projekty Badawcze
- Polska emigracja polityczna 1939-1990 – dr hab. Krzysztof Kaczmarski, dr Krzysztof Tochman
- Ziemie polskie pod okupacją 1939-1945 – Tomasz Bereza, dr Marcin Bukała, Piotr Chmielowiec, dr Mirosław Surdej
- Opozycja i opór społeczny w PRL 1956-1989 – dr Marcin Bukała, Artur Brożyniak, Małgorzata Gliwa
- Województwa wschodnie II Rzeczypospolitej – Artur Brożyniak
- Struktury i metody działania aparatu bezpieczeństwa w Polsce 1944-1989 – Piotr Chmielowiec
- Komuniści w II Rzeczypospolitej – dr Mariusz Krzysztofiński (koordynator projektu)
- Stosunki polsko-żydowskie w okresie II wojny światowej – dr hab. Elżbieta Rączy
- Podziemie niepodległościowe w Polsce 1944-1956 – dr Mirosław Surdej
- Wojsko Polskie w strukturach państwa w XX wieku – dr Krzysztof Tochman
- Władze komunistyczne wobec Kościołów i związków wyznaniowych w Polsce 1944-1989 – dr Bogusław Wójcik
Oddziałowe Projekty Badawcze
- Represje wobec Kościołów Katolickich Metropolii Lwowskich w latach 1939-1950 – Małgorzata Gliwa, dr Mariusz Krzysztofiński
- Osobowy wykaz ofiar konfliktu ukraińsko-polskiego 1939-1948 – Tomasz Bereza