Podstawową formą realizacji zadań IPN związanych z badaniami nad historią najnowszą są Centralne Projekty Badawcze (CPB) realizowane przez zespoły naukowców z Centrali w Warszawie i regionalnych ośrodków, objętych działaniem poszczególnych oddziałów IPN. Większość z nich jest realizowana (w zmienionych formach) od początku istnienia Instytutu, przy czym są to zarówno prace o charakterze zbiorowym (realizowane przez zespoły badaczy), np. w postaci syntez i zbiorów studiów, jak i indywidualne monografie, wpisujące się w tematykę konkretnych CPB. W pracach nad poszczególnymi projektami, poza badaczami z pionu naukowego, uczestniczą też pracownicy pozostałych pionów IPN, a także badacze zatrudnieni w innych ośrodkach naukowych (uczelnie wyższe, instytuty PAN itp.).
Za merytoryczną realizację projektu odpowiada jego koordynator. Nadzór nad koordynatorami Centralnych Projektów Badawczych sprawuje Dyrektor Biura Badań Historycznych.
Wykaz Centralnych Projektów Badawczych
- Uchodźstwo, emigracja niepodległościowa 1939–1990 – koordynator: dr hab. Krzysztof Kaczmarski
- Polacy w Rosji i Związku Sowieckim oraz w województwach wschodnich II RP (Kresy utracone) – koordynator: dr hab. Jan Szumski
- Ruch komunistyczny i aparat władzy 1917–1990 – koordynator: dr hab. Adam Dziuba
- Struktury i metody działania aparatu bezpieczeństwa w Polsce 1944–1989/90 – koordynator: dr hab. Filip Musiał
- Podziemie niepodległościowe 1944–1956 i ofiary represji zamordowane za działalność na rzecz niepodległego państwa polskiego – koordynator: dr Tomasz Łabuszewski
- ,,Solidarność” i opór społeczny 1956–1989 – koordynator: dr hab. Cecylia Kuta
- Transformacja ustrojowa PRL – koordynator: dr hab. Daniel Wicenty
- II Wojna Światowa i okupacje ziem polskich 1939–1944/45 – koordynator: dr Konrad Graczyk
- Dzieje Żydów w Polsce i stosunki polsko-żydowskie w latach 1917–1990 – koordynator: dr Tomasz Domański
- Władze komunistyczne wobec kościołów i związków wyznaniowych w Polsce 1944–1989 – koordynator: dr hab. Rafał Łatka
- Twórcy, dziennikarze i naukowcy wobec władz komunistycznych – koordynator: dr hab. Sebastian Ligarski
- ,,Ludowe” Wojsko Polskie jako element aparatu represji – koordynator: dr hab. Sławomir Cenckiewicz
Czasopisma naukowe
- „Pamięć i Sprawiedliwość”
Redaktor naczelny: dr hab. Mirosław Szumiło - „Aparat Represji w Polsce Ludowej 1944–1989”
Redaktor naczelny: dr hab. Filip Musiał - „Komunizm. System/Ludzie/Dokumentacja”
Redaktor naczelny dr hab. Marcin Kruszyński - „Polish-Jewish Studies”
Redaktor naczelny: dr Tomasz Domański