Portal www.operacja-polska.pl został przygotowany we współpracy z Centrum Polsko-Rosyjskiego Dialogu i Porozumienia. Zamieszczono na nim m.in. relacje świadków, filmy dokumentalne, artykuły popularnonaukowe, dokumenty z sowieckich archiwów, kalendarium zbrodni, mapę miejsc pamięci, a także bazę ofiar – Instytutowi zależy na udokumentowaniu z imienia i nazwiska możliwe jak największej liczby osób rozstrzelanych w ramach „operacji polskiej” NKWD.