Mając na uwadze poszerzanie wiedzy dotyczącej najnowszych dziejów Polski, a w szczególności tragicznych losów Polaków w na terenach byłego ZSRS, Archiwum IPN współpracuje w zakresie prac archiwalno-historycznych z Wydzielonym Państwowym Archiwum Służby Bezpieczeństwa Ukrainy (HDA SBU). Pierwsze kontakty w tej dziedzinie nawiązało w latach 90. polskie Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji. Zainicjowano wówczas serię wydawnictw źródłowych "Polska i Ukraina w latach trzydziestych – czterdziestych XX wieku. Nieznane dokumenty z archiwów służb specjalnych", którą od 2001 r. ze strony polskiej kontynuuje pion archiwalny IPN. W jego ramach współpracę z SBU prowadzi Wydział Badań Archiwalnych i Edycji Źródeł.

Współpraca polsko-ukraińska
-
Rozkaz nr 001353. Operacja proskrypcyjna NKWD 1939–1941 / Наказ № 001353. Oперація проcкрипції НКВД 1939–1941
-
Organizacja Ukraińskich Nacjonalistów w Polsce w latach 1944–1950. Likwidacja struktur kierowniczych
-
Poland and Ukraine in the 1930s and 1940s. Documents from the Archives of the Secret Services
-
Wielki Terror: Operacja Polska 1937–1938
-
Holodomor. The Great Famine in Ukraine 1932–1933
-
Wielki Głód na Ukrainie 1932–1933
-
Operacja „Sejm” 1944–1946
-
Akcja „Wisła” 1947
-
Polacy i Ukraińcy pomiędzy dwoma systemami totalitarnymi 1942–1945, cz. 1–2 / Поляки і Українці між двома тоталітарними системами 1942–1945
-
Polskie podziemie 1939–1941. Od Wołynia do Pokucia / Польське підпілля 1939–1941. Від Волині до Покуття, cz. 1–2