W kampanii medialnej prowadzonej przeciw Prezesowi Januszowi Kurtyce przedstawiano Go niemal jako partyjnego funkcjonariusza PiS, służącego jednej tylko opcji politycznej. Nie była to prawda. Był wyjątkowo samodzielnym i niezależnym urzędnikiem, w którego postawie dominowało pojęcie służby. Warto więc przypomnieć okoliczności Jego wyboru, gdyż przebiegał on w warunkach ostrych sporów, które nie pokrywały się z partyjnymi podziałami.
Dodać także wypada, że tragiczny los sprawił, że w katastrofie pod Smoleńskiem zginęły wszystkie osoby ubiegające się latem 2005 r. o urząd prezesa IPN po zakończeniu kadencji prof. Leona Kieresa – Andrzej Przewoźnik, Janusz Krupski i Janusz Kurtyka. Kandydaturę Janusza Kurtyki wysunęła latem 2005 r. grupa członków Kolegium związanych z Krakowem – Sławomir Radoń, Teofil Wojciechowski, Jan Draus, Włodzimierz Olszewski – którzy na bieżąco z Nim współpracowali. Pozostali członkowie Kolegium mieli okazję zapoznać się z Nim w czasie wyjazdowego posiedzenia w Oddziale IPN w Krakowie-Wieliczce. Wszyscy członkowie Kolegium byli wówczas pod wrażeniem stworzonego przez Niego dzieła. Nie było wątpliwości, że jest to, być może, najlepiej zorganizowany Oddział Instytutu. Imponująca była sprawność dyrektora Janusza Kurtyki, jeśli chodzi o przejęcie i uporządkowanie wielkiego zasobu archiwalnego, a także uruchomienie własnej serii wydawniczej, publikowanej w odrębnej szacie graficznej i wyróżniającej się wysokim poziomem zarówno edytorskim, jak i merytorycznym.
W decydującej fazie konkursu rywalem dyrektora Janusza Kurtyki był urzędujący wiceprezes Instytutu Janusz Krupski, jeden z najodważniejszych działaczy opozycji w latach siedemdziesiątych, m.in. twórca znaczącego lubelskiego pisma „Spotkania”. Janusz Kurtyka 21 września 2005 r. zwyciężył przewagą jednego głosu i został rekomendowany Sejmowi na stanowisko prezesa Instytutu. Wygrał nie z powodu jakichkolwiek partyjnych preferencji, ale dlatego, że był świetnie przygotowany do pełnienia roli prezesa Instytutu oraz przedstawił zwartą, konsekwentną oraz odważną wizję jego rozwoju. Potrafi ł również precyzyjnie wskazać miejsca, jakie Instytut miał zajmować w pejzażu instytucji, odpowiedzialnych za kształtowanie narodowej pamięci. W tej fazie pracami Kolegium kierował dr Sławomir Radoń, dyrektor Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych. Zaraz po tym zakończyła się jego kadencja i wówczas Kolegium mnie powierzyło kierowanie jego pracami. W trakcie konkursu głosowałem wprawdzie za kandydaturą Janusza Krupskiego, ale byłem zobowiązany do przeprowadzenia w Sejmie wyboru kandydata wskazanego przez całe Kolegium.
Pierwsze sygnały napływające z parlamentu nie zapowiadały, aby ten wybór był w ogóle możliwy. Pozytywnie na kandydaturę Janusza Kurtyki reagowała część posłów Platformy Obywatelskiej, a zwłaszcza jeden z jej ówczesnych liderów, Jan Maria Rokita. Przeciwko było SLD oraz „Samoobrona”, PSL się wahało. Ze strony PiS więcej było słychać głosów dezaprobaty, aniżeli wsparcia dla tej kandydatury. Dodatkowo część mediów prowadziła systematyczną kampanię dezawuującą Jego kandydaturę. Januszowi Kurtyce zarzucano prolustracyjne zapędy, słabe przygotowanie merytoryczne, a przede wszystkim wykorzystanie materiałów archiwalnych z zasobów krakowskiego Oddziału IPN dla rzekomej dyskredytacji osoby swego konkursowego rywala, Andrzeja Przewoźnika. Wszystkie Jego wyjaśnienia, że nie miał nic wspólnego z ujawnieniem mediom – przez jednego z krakowskich działaczy Platformy – zapisów z dzienników rejestracyjnych na temat Przewoźnika, były ignorowane. Podobnie jak fakt, że ujawnienie w mediach jakichkolwiek informacji na ten temat nie miało żadnego znaczenia dla postępowania Kolegium. Zgodnie bowiem z ustawą, Kolegium i tak zobowiązane było zapoznać się ze wszystkimi informacjami zgromadzonymi na temat osoby ubiegającej się o stanowisko prezesa IPN oraz ocenić je według ustawowych sformułowań. Nakazywały zaś one, nawet w przypadku materiałów niejednoznacznych i budzących wątpliwości, zakwalifikować je jako przeszkodę w dopuszczeniu osoby, której dotyczyły, do konkursu.
Mimo wielokrotnych wyjaśnień, zarówno ze strony członków Kolegium, jak i samego Janusza Kurtyki, kampania przeciw Niemu nie ustała nawet wówczas, gdy Kolegium dokonało już swego wyboru. Jej celem było zasianie wątpliwości wśród polityków tak, aby wybór Janusza Kurtyki był niemożliwy. Część z tych działań została uwieńczona powodzeniem także wśród posłów Prawa i Sprawiedliwości oraz w Kancelarii Prezydenta RP. Głośna była ostra i krzywdząca Janusza Kurtykę wypowiedź Prezydenta RP na Jego temat. Nie ulegało żadnej wątpliwości, że w fazie konkursowej faworytem prezydenta Lecha Kaczyńskiego, ale także prezesa Jarosława Kaczyńskiego, był Janusz Krupski. Gdy przegrał, otrzymywałem jasne sygnały, że PiS nie zamierza poprzeć kandydatury Kurtyki. Gdyby tak się stało, oznaczałoby to, że jego wybór przez Sejm nie będzie możliwy. Kluczową więc sprawą było doprowadzenie do zmiany stanowiska Jarosława Kaczyńskiego, lidera największego wówczas klubu poselskiego.
Z mojej inicjatywy i w mojej obecności w biurze poselskim Jarosława Kaczyńskiego 8 listopada 2005 r. doszło do rozmowy Janusza Kurtyki z prezesem PiS. Była to długa i twarda rozmowa. Na wstępie prezes Kaczyński powiedział, że PiS nie jest przygotowany, aby wesprzeć Jego kandydaturę. Później przedstawił całą listę zarzutów, związanych zarówno ze sprawą Przewoźnika, jak i innymi kwestiami. Przede wszystkim jednak chciał usłyszeć, jaki jest pogląd Janusza Kurtyki na kwestię niezależności badań naukowych oraz udostępniania dokumentów zgromadzonych w archiwach IPN i procedur lustracyjnych, a zwłaszcza proponowanych przez PiS zmian w sposobie przeprowadzenia lustracji. Wyjaśniana miała być także rola byłych funkcjonariuszy UOP, pracujących w archiwach IPN. Janusz Kurtyka szczegółowo odpowiadał na każde z zadawanych przez Jarosława Kaczyńskiego pytań, prostował krzywdzące Go i nieprawdziwe informacje. W kwestii lustracji powiedział, że Instytut przyjmie rozwiązania zapisane w nowej ustawie. W tej kwestii miałem odmienny pogląd. Uważałem, że nałożenie na Instytut obowiązków lustracyjnych dodatkowo skomplikuje sytuację, upolityczni jego działalność i narazi na dodatkowe ataki. Jednak prezes Kaczyński twardo podtrzymał swe stanowisko, zapowiadając, że PiS z całą pewnością doprowadzi do zmiany ustawy lustracyjnej, powierzając to zadanie Instytutowi. Janusz Kurtyka powtórzył, że Jego prywatny pogląd w tej sprawie nie ma żadnego znaczenia, ale kierowany przez Niego Instytut wypełni wszystkie obowiązki wynikające z zapisów ustawy o IPN. Dość szczegółowo omawiana była także kwestia organizacji pracy pionu archiwalnego. Intencją prezesa Kaczyńskiego było, aby archiwa były jak najszerzej otwarte dla ludzi pokrzywdzonych oraz badaczy. W trakcie rozmowy Kurtyka nie wypierał się także swych dobrych kontaktów z ludźmi ze środowiska krakowskiej Platformy, ale podkreślał, że swą misję będzie pełnił w sposób niezależny, wolny od partyjnych nacisków z jakiejkolwiek pochodziłyby strony. Prezes Jarosław Kaczyński zapewnił Go, że jego środowisko polityczne nie ma zamiaru wywierania jakiegokolwiek wpływu na politykę prezesa i będzie Go oceniało po wynikach Jego pracy.
Ta rozmowa musiała prezesowi Jarosławowi Kaczyńskiemu zapaść w pamięci, skoro w liście skierowanym do uczestników ceremonii pogrzebowych w Krakowie napisał, że w trakcie pierwszego osobistego spotkania z Januszem Kurtyką mógł Go bliżej poznać i przekonać się, z jakiej klasy człowiekiem ma do czynienia. Rozmowa zakończyła się stwierdzeniem, że PiS wesprze Jego kandydaturę na sali sejmowej. Podobne wsparcie zadeklarował 7 grudnia klub Platformy Obywatelskiej. Tym razem spotkanie z liderami tej partii ograniczyło się do długiej rozmowy ze mną, podczas której starałem się obiektywnie przedstawić wszystkie uwarunkowania decyzji podjętej przez Kolegium i fatalne dla Instytutu konsekwencje odrzucenia tej kandydatury. Tego dnia Janusz Kurtyka spotkał się także z kierownictwem Klubu PiS, gdzie szczegółowo wyjaśniał zarówno liczne wątpliwości, jak i prezentował swoje plany i zamierzenia. Zapamiętałem z tej rozmowy uwagę posła Przemysława Gosiewskiego, aby w badaniach dokumentów wytworzonych przez SB szczególnie ostrożnie obchodzić się z archiwaliami dotyczącymi Kościoła, nie tylko ze względu na złożoną jego sytuację w przeszłości, ale także miejsce, jakie obecnie zajmuje w społeczeństwie, oraz autorytet, który jest mu w tej misji niezbędny. Przed sejmową debatą 8 grudnia odbyło się jeszcze posiedzenie Konwentu Seniorów, zwołanego przez marsz. Marka Jurka. Miało burzliwy przebieg. Kandydaturę Kurtyki atakował wicemarszałek Bronisław Komorowski, który był przekonany, że w trakcie konkursu został skrzywdzony Andrzej Przewoźnik. Cierpliwie tłumaczyłem wszystkie wątpliwości, ale i tak ze strony „Samoobrony” i SLD padła propozycja, aby głosowanie w sprawie prezesa IPN przesunąć. Wszystkie wątpliwości przeciął marsz. Marek Jurek, który wyznaczył termin głosowania na dzień następny. Gdy 9 grudnia 2005 r. rekomendowałem kandydaturę Janusza Kurtyki w Sejmie, powiedziałem m.in., że zadaniem Instytutu jest inspirowanie wielkiej narodowej debaty o nas samych i prezentowanie naszych historycznych racji wobec innych. Wyraziłem także przekonanie, że IPN pod kierunkiem prezesa Kurtyki sprosta tym zadaniom. Wspominając tamte wydarzenia, mogę spokojnie napisać, że wszystko co Janusz Kurtyka robił, kierując prawie przez pięć lat Instytutem, potwierdziło, że nie zawiódł pokładanych w Nim nadziei.
