W dniu 25 stycznia 2019 r. prokurator Oddziałowej Komisji w Warszawie skierował do Sądu Rejonowego w Warszawie akt oskarżenia przeciwko byłemu Naczelnikowi Wydziału I Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych – Grzegorzowi P. oraz Waldemarowi O. i Pawłowi N. – byłym funkcjonariuszom Wydziału I Departamentu IV MSW.
Prokurator zarzucił oskarżonym udział w tworzeniu przeciwko Jerzemu Popiełuszce fałszywych dowodów, w celu skierowania przeciwko niemu ścigania o przestępstwo. Grzegorz P. jako Naczelnik Wydziału I Departamentu IV MSW kierował akcją podrzucenia do mieszkania ks. Jerzego Popiełuszki, przez Pawła N. oraz Waldemara O. amunicji, materiałów wybuchowych, ulotek i wydawnictw, które następnie zostały ujawnione w trakcie przeszukania przeprowadzonego w tym mieszkaniu, w dniu 12 grudnia 1983 r.
Czyny popełnione przez oskarżonych zostały opisane w art. 18 § 1 kk w zw. z art. 235 kk w zb. z art. 231 § 1 kk w zw. z art. 11 § 2 kk w zw. z art. 2 ust. 1 i art. 3 Ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (Dz. U. Nr 155 poz. 1016).
Dnia 30 października 2019 r. Sąd Okręgowy w Warszawie, uznał że czyny zarzucane oskarżonym nie stanowią zbrodni przeciwko ludzkości i umorzył postępowania karne ze względu na przedawnienie karalności (art. 17 § 1 pkt. 6 kpk).
Prokurator Oddziałowej Komisji złożył zażalenie na powyższe postanowienie w dniu 6 listopada 2019 r.
Sąd Apelacyjny w Warszawie w dniu 15 stycznia 2020 r. wydał postanowienie utrzymujące w mocy postanowienie Sądu Okręgowego w Warszawie o umorzeniu postępowania na podstawie art. 17 § 1 pkt 6 kpk.
Dyrektor Głównej Komisji ŚZpNP skierował do Sądu Najwyższego kasację od powyższego orzeczenia Sądu Apelacyjnego w dniu 15 grudnia 2020 r.
W dniu 9 grudnia 2021 Sąd Najwyższy uchylił zaskarżone orzeczenie Sądu Apelacyjnego w Warszawie i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania w instancji odwoławczej.
W dniu 17 marca 2022 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie uchylił zaskarżone postanowienie i przekazał sprawę Sądowi Okręgowemu w Warszawie do merytorycznego rozpoznania.
Postanowieniem z dnia 27 października 2023 r. Sąd Okręgowy w Warszawie wyłączył ze sprawy wątek dotyczący Waldemara O. do odrębnego postępowania, a następnie w dniu 9 listopada 2023 r. umorzył to postępowanie z powodu śmierci oskarżonego.